Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : aucun

Laboratoire/Entreprise : Institut de recherche technologique BIOASTER
Durée : CDI
Contact : job@bioaster.org
Date limite de publication : 2017-05-19

Contexte :
Le poste est rattaché à l’unité technologique de « management et analyse des données ». L’équipe a pour missions de développer les technologies et solutions capables de collecter, suivre, organiser, analyser, visualiser et exploiter les données générées par les dispositifs expérimentaux des autres unités de BIOASTER : génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, cytométrie, imagerie, ainsi que les études précliniques et cliniques ou des bases de données publiques.

Sujet :
MISSIONS
Dans ce contexte, les missions confiées au candidat retenu consisteront à :
• Proposer un saut méthodologique pour l’analyse statistique de données à haute dimensionnalité — d’origine omique, préclinique clinique — afin de fournir des réponses novatrices aux projets de l’Institut de Recherche Technologique. Par exemple, il peut s’agir d’identifier des biomarqueurs ou de caractériser des mécanismes d’action.
• Développer les processus d’intégration et d’analyse des données issues de différentes sources (publiques, internes, issues de projets collaboratifs).
• Contribuer à l’automatisation et l’implémentation de ces processus dans le système d’information scientifique de BIOASTER, et notamment sa plateforme d’analyse intensive.

ACTIVITES
• Évaluer les technologies de structuration et d’analyse de données volumineuses ou complexes, et réaliser la veille technologique dans ce domaine,
• En collaboration avec toute la communauté de BIOASTER :
– Contribuer à l’évaluation des méthodes statistiques pour la transformation, la standardisation et l’analyse intégrative des données omiques, phénotypiques, précliniques et cliniques,
– Identifier les sources pertinentes d’information pour chaque projet, et mettre en place leur collecte, leur curation et leur livraison aux pipelines d’analyse bio-informatique,
– Contribuer à l’évolution de la plateforme Cloud de bio-informatique, notamment des processus de restitution et de visualisation.

Profil du candidat :
• Statistique
• Machine learning

Formation et compétences requises :
FORMATION
• PhD, Master, école d’ingénieur ou équivalent en statistique, traitement du signal ou bio-informatique, avec au moins 3 à 5 ans d’expérience dans une fonction similaire en milieu industriel, académique ou dans une PME du secteur des sciences de la vie.

COMPETENCES
• Expertise des méthodes statistiques multivariées : PLS (régression et analyse discriminante) et PLS multi blocs, analyse de données longitudinales, Generalized Canonical Correlation Analysis, méthode de sélection des variables (lasso, Elastic Net, Variable Importance in Projection).
• Bonne connaissance des méthodes de clustering : PCA, K-means, clustering basé sur la distribution ou la densité.
• Bonne connaissance des méthodes d’apprentissage automatique : SVM, Random Forest, classificateur bayésien, Hidden Markov Models…
• Connaissances générales en traitement des données et bio-informatique.
• Connaissances générales en biologie moléculaire.
• Connaissances générales en programmation (Bash, R, Python).
• Maîtrise de l’anglais technique et scientifique

QUALITES PERSONNELLES
• Autonomie, Esprit d’initiative, réactivité.
• Capacité de travail sur des objectifs à long terme.
• Sens du travail en équipe en mode projet.
• Capacité de communication et facilité dans les relations interpersonnelles.
• Respect de la confidentialité, des contraintes réglementaires et des bonnes pratiques.

Adresse d’emploi :
BIOASTER
40 avenue Tony Garnier
69007 Lyon

Document attaché : 2017.03.14-datascientist_fr_v02.pdf