Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Centre d’Epidémiologie et de Santé Publique des A
Durée : 4 à 6 mois
Contact : muriel.visani@univ-lr.fr
Date limite de publication : 2025-05-31

Contexte :
/! À noter que ce sujet de stage s’adresse préférentiellement à des étudiants de M2 mais, en fonction de leur profil et de leur expérience, des étudiants de M1 pourraient être acceptés.

/! Parmi les pré-requis explicités dans le fichier ci-joint, nous attirons l’attention des potentiels candidats sur les contraintes en termes de nationalité liées à ce poste.

Sujet :
Voir le fichier ci-joint.

Profil du candidat :
Nous recherchons un(e) étudiant(e) de Master 2 ou de Master 1, de nationalité Française, avec :
– Motivation dans la recherche et l’innovation
– Bonnes compétences en programmation (en particulier avec Python)
– Bonnes compétences en IA et en apprentissage automatique
– Une première expérience du deep learning serait un atout
– Très bon niveau d’anglais (parlé et écrit)
– Connaissances en traitement et analyse d’images

Tous les demandeurs devront se soumettre à une enquête d’habilitation de sécurité avant de pouvoir accéder au site du CESPA.

Formation et compétences requises :

Adresse d’emploi :
Centre d’Epidémiologie et de Santé Publique des Armées (CESPA), Marseille.

Document attaché : 202501240639_StageMaster-CESPA.pdf

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Cirad, Montpellier
Durée : 4 à 6 mois
Contact : romain.fernandez@cirad.fr
Date limite de publication : 2025-05-31

Contexte :
Les rizières jouent un rôle central dans la sécurité alimentaire mondiale, et un rôle important dans
le changement climatique d’origine anthropique en émettant chaque année 50 mégatonnes de méthane. Le
projet interdisciplinaire ARIZE vise à relever le double défi de la transition agroécologique et de la sécurité
alimentaire en développant des outils innovants pour l’exploration morpho-anatomique du riz en 3D afin de
sélectionner des variétés de riz adaptées aux cultures en sol sec. Dans ce cadre, nous explorons
l’architecture interne des plantes de riz en 3D via des images inédites par micro-tomographie aux rayons X à
une résolution de 10 μm. Chaque image volumétrique, de l’ordre de 1 To, permet de révéler le réseau 3D
des aérenchymes, ces “canaux” internes qui transportent l’oxygène. Automatiser l’analyse de ces structures
en 3D serait une première mondiale et constitue le cœur de ce stage.

Sujet :
Concevoir un pipeline complet d’analyse 3D pour la segmentation anatomique et l’estimation de
caractéristiques complexes en 3D. Dans ce but, le stagiaire aura la responsabilité de réaliser des
expérimentations avec des outils de l’état de l’art (modèles dédiés “plante” et modèles-fondation
généralistes), et de concevoir une solution technique open-source qui sera mise à disposition dans un
démonstrateur open-source via un plugin Python pour le logiciel Napari. Le stagiaire travaillera en lien étroit
avec le deuxième stagiaire X-atlas 3D, dédié à la reconstruction architecturale en 3D. Une forte collaboration
est prévue pour combiner les résultats dans une solution intégrée.

Profil du candidat :
Étudiant·e en Master 2 ou école d’ingénieur avec spécialisation en informatique, analyse
d’images, ou modélisation mathématique. Le langage de programmation utilisé sera Python, en utilisant
des outils de développement communautaire et de maintien logiciel (Github, Intégration Continue), et des
librairies standards de deep learning (Pytorch/Tensorflow).

Formation et compétences requises :
Expérience en traitement d’images 3D, et/ou
modélisation géométrique appréciée. Intérêt pour le développement d’outils open-source et la
collaboration interdisciplinaire. Capacité à travailler en équipe dans un environnement mêlant
informatique, biologie et agroécologie.

Adresse d’emploi :
La rémunération selon barème légal des stages sera de 600€
mensuel, avec accès à la restauration collective le midi. Le stage aura lieu au Cirad de Montpellier, 389 Av.
Agropolis, 34980 Montferrier-sur-Lez.

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Cirad, Montpellier
Durée : 6 mois
Contact : romain.fernandez@cirad.fr
Date limite de publication : 2025-05-31

Contexte :
Les rizières jouent un rôle central dans la sécurité alimentaire mondiale, et un rôle important dans le changement climatique d’origine anthropique en émettant chaque année 50 mégatonnes de méthane. Le projet interdisciplinaire ARIZE vise à relever le double défi de la transition agroécologique et de la sécurité alimentaire en développant des outils innovants pour l’exploration morpho-anatomique du riz en 3D afin de sélectionner des variétés de riz adaptées aux cultures en sol sec. Dans ce cadre, nous explorons l’architecture interne des plantes de riz en 3D via des images inédites par micro-tomographie aux rayons X à une résolution de 10 µm. Chaque image volumétrique, de l’ordre de 1 To, permet de révéler le réseau 3D des aérenchymes, ces “canaux” internes qui transportent l’oxygène. Automatiser l’analyse de ces structures en 3D serait une première mondiale et constitue le cœur de ce stage.

Sujet :
Concevoir un pipeline complet d’analyse 3D pour la segmentation anatomique et l’estimation de caractéristiques complexes en 3D. Dans ce but, le stagiaire aura la responsabilité de réaliser des expérimentations avec des outils de l’état de l’art (modèles dédiés “plante” et modèles-fondation généralistes), et de concevoir une solution technique open-source qui sera mise à disposition dans un démonstrateur open-source via un plugin Python pour le logiciel Napari. Le stagiaire travaillera en lien étroit avec le deuxième stagiaire X-atlas 3D, dédié à la reconstruction architecturale en 3D. Une forte collaboration est prévue pour combiner les résultats dans une solution intégrée.

Profil du candidat :
Étudiant·e en Master 2 ou école d’ingénieur avec spécialisation en informatique, analyse d’images, ou modélisation mathématique. Le langage de programmation utilisé sera Python, en utilisant des outils de développement communautaire et de maintien logiciel (Github, Intégration Continue), et des librairies standards de deep learning (Pytorch/Tensorflow).

Formation et compétences requises :
Expérience en traitement d’images 3D, et/ou modélisation géométrique appréciée. Intérêt pour le développement d’outils open-source et la collaboration interdisciplinaire. Capacité à travailler en équipe dans un environnement mêlant informatique, biologie et agroécologie.

Adresse d’emploi :
La rémunération selon barème légal des stages sera de 600€ mensuel, avec accès à la restauration collective le midi. Le stage aura lieu au Cirad de Montpellier, 389 Av. Agropolis, 34980 Montferrier-sur-Lez.

Document attaché : 202501271049_Offre de stage M2 – Deep aerenchimas.pdf

Annonce en lien avec l’Action/le Réseau :

Thème :

Science Ouverte, Reproductibilité, Développement Logiciel et Scripts

Présentation :

Les pratiques de science ouverte ont depuis plusieurs années gagné le domaine des sciences humaines et sociales. On y rencontre des pratiques émergentes, au travers des réseaux (MATE-SHS), dans la mise à disposition des données et des logiciels au sein de divers dépôt institutionels (forges logicielles comme gitlab Humanum, entrepôt de données comme Nakala), mais aussi de publications type « Data Paper » dans des revues spécialisées (Cybergéo, Data & Corpus, etc.). La « reproductibilité computationelle » est également abordé dans des GT inter-disciplinaire (GTNotebook), dans des revues spécialisés (RZine) et par la présence actives de certaines disciplines des SHS (géographie, psychologie) au sein du jeune réseau « Recherche Reproductible Français ».

Si les signes sont bien là et encourageants, les besoins de formation de cette communauté scientifique en SHS, même s’ils sont bien identifiés, ne sont que très peu couverts. Après les données de recherche, les publications l’objectif de cette école thématique est de former les scientifiques des SHS aux enjeux du troisième pilier de la science ouverte : les codes sources et les logiciels.

Il est ainsi crucial de former rapidement la communauté aux enjeux actuels pour faire évoluer nos conceptions des humanités numériques. C’est tout l’enjeu de cette école que d’améliorer les connaissances, mais aussi de les diffuser dans la communauté scientifique ces prochaines années.

Les thématiques suivantes seront abordées:

I. Introduction aux enjeux et différentes facettes de la Science Ouverte
II. Forges logicielles et workflows
III. Notebooks et literate programming
IV. La reproductibilité computationnelle

Cette école s’adresse aux chercheur·euses, doctorant·es, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es et post-doctorant·es en SHS ayant une pratique de la programmation et souhaitant s’initier aux concepts et techniques de gestion de développements informatiques s’inscrivant dans la science ouverte.

Du : 2025-06-22

Au : 2025-06-27

Lieu : CAES CNRS de Saint-Pierre d’Oléron

Site Web : https://so-shs.gitpages.huma-num.fr/

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : IMT Atlantique & ENSTA
Durée : 6 mois
Contact : dorian.cazau@ensta.fr
Date limite de publication : 2025-06-30

Contexte :

Sujet :
IA Non‐Supervisée pour le Suivi de la Biodiversité Marine par Acoustique Passive Sous Marine (IANSPAM)

Profil du candidat :

Formation et compétences requises :

Adresse d’emploi :
Brest ‐ IMT Atlantique / ENSTA

Document attaché : 202502101141_Stage IANSPAM.pdf

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Centre d’Epidémiologie et de Santé Publique des A
Durée : 4 à 6 mois
Contact : muriel.visani@univ-lr.fr
Date limite de publication : 2025-05-31

Contexte :
/! À noter que ce sujet de stage s’adresse préférentiellement à des étudiants de M2 mais, en fonction de leur profil et de leur expérience, des étudiants de M1 pourraient être acceptés.

/! Parmi les pré-requis explicités dans le fichier ci-joint, nous attirons l’attention des potentiels candidats sur les contraintes en termes de nationalité liées à ce poste.

Sujet :
Voir le fichier ci-joint.

Profil du candidat :
Nous recherchons un(e) étudiant(e) de Master 2 ou de Master 1, de nationalité Française, avec :
– Motivation dans la recherche et l’innovation
– Bonnes compétences en programmation (en particulier avec Python)
– Bonnes compétences en IA et en apprentissage automatique
– Une première expérience du deep learning serait un atout
– Très bon niveau d’anglais (parlé et écrit)
– Connaissances en traitement et analyse d’images

Tous les demandeurs devront se soumettre à une enquête d’habilitation de sécurité avant de pouvoir accéder au site du CESPA.

Formation et compétences requises :

Adresse d’emploi :
Centre d’Epidémiologie et de Santé Publique des Armées (CESPA), Marseille.

Document attaché : 202501240639_StageMaster-CESPA.pdf

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Cirad, Montpellier
Durée : 4 à 6 mois
Contact : romain.fernandez@cirad.fr
Date limite de publication : 2025-05-31

Contexte :
Les rizières jouent un rôle central dans la sécurité alimentaire mondiale, et un rôle important dans
le changement climatique d’origine anthropique en émettant chaque année 50 mégatonnes de méthane. Le
projet interdisciplinaire ARIZE vise à relever le double défi de la transition agroécologique et de la sécurité
alimentaire en développant des outils innovants pour l’exploration morpho-anatomique du riz en 3D afin de
sélectionner des variétés de riz adaptées aux cultures en sol sec. Dans ce cadre, nous explorons
l’architecture interne des plantes de riz en 3D via des images inédites par micro-tomographie aux rayons X à
une résolution de 10 μm. Chaque image volumétrique, de l’ordre de 1 To, permet de révéler le réseau 3D
des aérenchymes, ces “canaux” internes qui transportent l’oxygène. Automatiser l’analyse de ces structures
en 3D serait une première mondiale et constitue le cœur de ce stage.

Sujet :
Concevoir un pipeline complet d’analyse 3D pour la segmentation anatomique et l’estimation de
caractéristiques complexes en 3D. Dans ce but, le stagiaire aura la responsabilité de réaliser des
expérimentations avec des outils de l’état de l’art (modèles dédiés “plante” et modèles-fondation
généralistes), et de concevoir une solution technique open-source qui sera mise à disposition dans un
démonstrateur open-source via un plugin Python pour le logiciel Napari. Le stagiaire travaillera en lien étroit
avec le deuxième stagiaire X-atlas 3D, dédié à la reconstruction architecturale en 3D. Une forte collaboration
est prévue pour combiner les résultats dans une solution intégrée.

Profil du candidat :
Étudiant·e en Master 2 ou école d’ingénieur avec spécialisation en informatique, analyse
d’images, ou modélisation mathématique. Le langage de programmation utilisé sera Python, en utilisant
des outils de développement communautaire et de maintien logiciel (Github, Intégration Continue), et des
librairies standards de deep learning (Pytorch/Tensorflow).

Formation et compétences requises :
Expérience en traitement d’images 3D, et/ou
modélisation géométrique appréciée. Intérêt pour le développement d’outils open-source et la
collaboration interdisciplinaire. Capacité à travailler en équipe dans un environnement mêlant
informatique, biologie et agroécologie.

Adresse d’emploi :
La rémunération selon barème légal des stages sera de 600€
mensuel, avec accès à la restauration collective le midi. Le stage aura lieu au Cirad de Montpellier, 389 Av.
Agropolis, 34980 Montferrier-sur-Lez.

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Cirad, Montpellier
Durée : 6 mois
Contact : romain.fernandez@cirad.fr
Date limite de publication : 2025-05-31

Contexte :
Les rizières jouent un rôle central dans la sécurité alimentaire mondiale, et un rôle important dans le changement climatique d’origine anthropique en émettant chaque année 50 mégatonnes de méthane. Le projet interdisciplinaire ARIZE vise à relever le double défi de la transition agroécologique et de la sécurité alimentaire en développant des outils innovants pour l’exploration morpho-anatomique du riz en 3D afin de sélectionner des variétés de riz adaptées aux cultures en sol sec. Dans ce cadre, nous explorons l’architecture interne des plantes de riz en 3D via des images inédites par micro-tomographie aux rayons X à une résolution de 10 µm. Chaque image volumétrique, de l’ordre de 1 To, permet de révéler le réseau 3D des aérenchymes, ces “canaux” internes qui transportent l’oxygène. Automatiser l’analyse de ces structures en 3D serait une première mondiale et constitue le cœur de ce stage.

Sujet :
Concevoir un pipeline complet d’analyse 3D pour la segmentation anatomique et l’estimation de caractéristiques complexes en 3D. Dans ce but, le stagiaire aura la responsabilité de réaliser des expérimentations avec des outils de l’état de l’art (modèles dédiés “plante” et modèles-fondation généralistes), et de concevoir une solution technique open-source qui sera mise à disposition dans un démonstrateur open-source via un plugin Python pour le logiciel Napari. Le stagiaire travaillera en lien étroit avec le deuxième stagiaire X-atlas 3D, dédié à la reconstruction architecturale en 3D. Une forte collaboration est prévue pour combiner les résultats dans une solution intégrée.

Profil du candidat :
Étudiant·e en Master 2 ou école d’ingénieur avec spécialisation en informatique, analyse d’images, ou modélisation mathématique. Le langage de programmation utilisé sera Python, en utilisant des outils de développement communautaire et de maintien logiciel (Github, Intégration Continue), et des librairies standards de deep learning (Pytorch/Tensorflow).

Formation et compétences requises :
Expérience en traitement d’images 3D, et/ou modélisation géométrique appréciée. Intérêt pour le développement d’outils open-source et la collaboration interdisciplinaire. Capacité à travailler en équipe dans un environnement mêlant informatique, biologie et agroécologie.

Adresse d’emploi :
La rémunération selon barème légal des stages sera de 600€ mensuel, avec accès à la restauration collective le midi. Le stage aura lieu au Cirad de Montpellier, 389 Av. Agropolis, 34980 Montferrier-sur-Lez.

Document attaché : 202501271049_Offre de stage M2 – Deep aerenchimas.pdf

Annonce en lien avec l’Action/le Réseau :

Thème :

Science Ouverte, Reproductibilité, Développement Logiciel et Scripts

Présentation :

Les pratiques de science ouverte ont depuis plusieurs années gagné le domaine des sciences humaines et sociales. On y rencontre des pratiques émergentes, au travers des réseaux (MATE-SHS), dans la mise à disposition des données et des logiciels au sein de divers dépôt institutionels (forges logicielles comme gitlab Humanum, entrepôt de données comme Nakala), mais aussi de publications type « Data Paper » dans des revues spécialisées (Cybergéo, Data & Corpus, etc.). La « reproductibilité computationelle » est également abordé dans des GT inter-disciplinaire (GTNotebook), dans des revues spécialisés (RZine) et par la présence actives de certaines disciplines des SHS (géographie, psychologie) au sein du jeune réseau « Recherche Reproductible Français ».

Si les signes sont bien là et encourageants, les besoins de formation de cette communauté scientifique en SHS, même s’ils sont bien identifiés, ne sont que très peu couverts. Après les données de recherche, les publications l’objectif de cette école thématique est de former les scientifiques des SHS aux enjeux du troisième pilier de la science ouverte : les codes sources et les logiciels.

Il est ainsi crucial de former rapidement la communauté aux enjeux actuels pour faire évoluer nos conceptions des humanités numériques. C’est tout l’enjeu de cette école que d’améliorer les connaissances, mais aussi de les diffuser dans la communauté scientifique ces prochaines années.

Les thématiques suivantes seront abordées:

I. Introduction aux enjeux et différentes facettes de la Science Ouverte
II. Forges logicielles et workflows
III. Notebooks et literate programming
IV. La reproductibilité computationnelle

Cette école s’adresse aux chercheur·euses, doctorant·es, enseignant·es-chercheur·euses, ingénieur·es et post-doctorant·es en SHS ayant une pratique de la programmation et souhaitant s’initier aux concepts et techniques de gestion de développements informatiques s’inscrivant dans la science ouverte.

Du : 2025-06-22

Au : 2025-06-27

Lieu : CAES CNRS de Saint-Pierre d’Oléron

Site Web : https://so-shs.gitpages.huma-num.fr/

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : IMT Atlantique & ENSTA
Durée : 6 mois
Contact : dorian.cazau@ensta.fr
Date limite de publication : 2025-06-30

Contexte :

Sujet :
IA Non‐Supervisée pour le Suivi de la Biodiversité Marine par Acoustique Passive Sous Marine (IANSPAM)

Profil du candidat :

Formation et compétences requises :

Adresse d’emploi :
Brest ‐ IMT Atlantique / ENSTA

Document attaché : 202502101141_Stage IANSPAM.pdf