MaDICS est un Groupement de Recherche (GDR) du CNRS créé en 2015. Il propose un écosystème pour promouvoir et animer des activités de recherche interdisciplinaires en Sciences des Données. Il est un forum d’échanges et d’accompagnement pour les acteurs scientifiques et non-scientifiques (industriels, médiatiques, culturels,…) confrontés aux problèmes du Big Data et des Sciences des données.
Pour en savoir plus…
Les activités de MaDICS sont structurées à travers des Actions et Ateliers. Les Actions rassemblent les acteurs d’une thématique précise pendant une durée limitée (entre deux et quatre ans). La création d’une Action est précédée par un ou plusieurs Ateliers qui permettent de consolider les thématiques et les objectifs de l’action à venir.
Le site de MaDICS propose plusieurs outils de support et de communication ouverts à la communauté concernée par les Sciences des Données:
- Manifestations MaDICS : Le GDR MaDICS labellise des Manifestations comme des conférences, workshops ou écoles d’été. Toute demande de labellisation est évaluée par le Comité de Direction du GDR. Une labellisation rend possible un soutien financier pour les jeunes chercheuses et chercheurs. Une labellisation peut aussi être accompagnée d’une demande de soutien financier pour des missions d’intervenants ou de participants à la manifestation.
Pour en savoir plus… - Réseaux MaDICS : pour mieux cibler les activités d’animation de la recherche liées à la formation et à l’innovation, le GDR MaDICS a mis en place un Réseau Formation destiné à divers publics (jeunes chercheurs, formation continue,…), un Réseau Innovation pour faciliter et intensifier la diffusion des recherches en Big Data, Sciences des Données aux acteurs industriels et un Club de Partenaires qui soutiennent et participent aux activités du GDR.
Pour en savoir plus… - Espace des Doctorants : Les doctorants et les jeunes chercheurs représentent un moteur essentiel de la recherche et le GDR propose des aides à la mobilité et pour la participation à des manifestations MaDICS.
Pour en savoir plus… - Outils de communication : Le site MaDICS permet de diffuser des informations diverses (évènements, offres d’emplois, proposition de thèses, …) liées aux thématiques de recherche du GDR. Ces informations sont envoyées à tous les abonnés de la liste de diffusion MaDICS et publiés dans un Calendrier public (évènements) et une page d’offres d’emplois.
Adhésion au GDR MaDICS : L’adhésion au GDR MaDICS est gratuite pour les membres des laboratoires ou des établissements de recherche publics. Les autres personnes peuvent adhérer au nom de l’entreprise ou à titre individuel en payant une cotisation annuelle.
Pour en savoir plus…
Manifestations à venir
Journées Ecoles Conférences et Séminaires
Actions, Ateliers et Groupes de Travail :
DAE DatAstro DSChem EXMIA GeoKIF HELP Musiscale RECAST SaD-2HN SIMDAC SimpleText TIDS
Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : ReProVirtuFlow
Thème :
Vers un premier état de l’art sur les Workflows – Provenance – Machines virtuelles – approches émergentes – use cases
Présentation :
Vers un premier état de l’art sur les Workflows – Provenance – Machines virtuelles – approches émergentes – use cases
Du : 2016-03-16
Au : 2016-03-16
Lieu : Orsay, Laboratoire de Recherche en Informatique
Site Web : http://www.madics.fr/actions/actions-en-cours/reprovirtuflow/
Semaine de la Provenance (workshops TaPP et IPAW) et satellites.
Webinar sur la problématique de reproductibilité en bioinformatique dans le cadre de la serie de Webinars organisée par Arnaud Legrand (INRIA grenoble). Plus d’informations disponibles d’ici à la mi novembre !
URL : https://team.inria.fr/polaris/mc-events/webinar-on-reproducible-research-by-arnaud-legrand/
SnakeMake est un système de workflows scientifiques utilisé de façon croissante pour gérer les analyses scientifiques (bioinformatiques). L’objectif de cette journée est de fédérer la communauté francaise des utilisateurs de snakemake.
Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : ReProVirtuFlow /
Thème :
Rassemblement des (futurs et actuels) utilisateurs du système Snakemake pour la gestion d’expériences scientifiques.
Présentation :
Snakemake est un nouveau système de workflows (utilisé pour définir et exécuter une analyse de données impliquant de nombreuses étapes de traitement de données) dont le nombre d’utilisateurs croît de facon forte en Europe et notamment en France.
L’objectif de cette journée de rencontre est de fédérer la communauté française utilisatrice du système Snakemake pour identifier une première série de cas d’utilisation et de bonnes pratiques notamment relatives à la reproductibilité des analyses.
Du : 2016-12-12
Au : 2016-12-12
Lieu : Institut Pasteur, Paris
Site Web : https://c3bi.pasteur.fr/news-journee-snakemake/
Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : ReProVirtuFlow /
Thème :
Reproductibilité d’analyse de données
Présentation :
Dans le cadre de l’action Reprovirtuflow, nous lançons l’organisation d’une série de ReproHackathons visant à tester les capacités des systèmes de workflows disponibles à reproduire une expérience scientifique. Chaque ReproHackathon fournira aux participants :
(i) un accès au Cloud de l’Institut Francais de Bioinformatique, (ii) des cas d’utilisation fixés issus de publications scientifiques, (iii) pour chaque cas d’utilisation (un pipeline d’analyse et un jeu de données d’entrée), le défi sera de reproduire les résultats de la publication choisie.
Du : 2017-06-01
Au : 2017-06-02
Lieu : Gif-sur-yvette
Site Web : https://ifb-elixirfr.github.io/ReproHackathon/
Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : ReproVituFlow
Thème :
Reproductibilité; bioinformatique
Présentation :
L’objectif de cette journée est de présenter les activités de l’action ReproVirtuFlow, fondée et soutenue par le GDR MaDICS, qui s’intéresse à la problématique de reproductibilité computationnelle.
La journée comportera une session dédiée à la présentation du premier ReproHackathon (mettre un lien) organisé par notre groupe, ainsi que des sessions décrivant des éléments de solutions et des retours d’expériences autour de la problématique de reproductibilité computationnelle.
Du : 2017-12-12
Au : 2017-12-12
Lieu : Gif sur yvette, France
Site Web : https://ifb-elixirfr.github.io/ReproHackathon/pleniere2017
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Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : ReProVirtuFlow /
Thème :
Reproductibilité d’analyse de données
Présentation :
Dans le cadre de notre action, nous lançons l’organisation d’une série de ReproHackathons visant à tester les capacités des systèmes de workflows disponibles (au sens large : snakemake, galaxy, nextflow mais aussi les Notebooks Jupyter voire l’utilisation de librairies…) à reproduire une expérience scientifique.
Chaque ReproHackathon fournira aux participants : (1) un accès au Cloud de l’Institut Francais de Bioinformatique, (2) un ou des cas d’utilisation fixés issus de publications scientifiques. Lea seconde édition des reprohackathons se focalisera sur des cas d’analyse de données phylogénétiques. Les participants pourront se regrouper en équipes et choisir un cas d’utilisation parmi ceux proposés, un système de workflows pour implémenter le cas d’utilisation et tester s’ils retrouvent les résultats attendus.
Du : 2018-07-09
Au : 2018-07-10
Lieu : Lyon, Campus LyonTech – la Doua
Site Web : https://ifb-elixirfr.github.io/ReproHackathon/hackathon_2_programme.html
Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : ReProVirtuFlow
Thème :
Reproductibilité des expériences d’analyse de données scientifiques
Présentation :
Face aux masses de données disponibles, à la multitude d’outils existants et au caractère complexe des protocoles d’analyse de données scientifiques, reproduire une expérience est particulièrement difficile. ReProVirtuFlow est une action du GDR MaDICS qui vise à faire un état des lieux complet sur les approches existantes dans ce domaine. Dans ce cadre, sont organisés des ReproHackathons visant à tester les capacités des systèmes de workflows disponibles à reproduire une expérience scientifique. Le défi lors de ces ReproHackathons est de reproduire les résultats de la publication choisie. Les participants ont à leur disposition un accès au Cloud de l’Institut Francais de Bioinformatique, et des cas d’utilisation issus de publications scientifiques (avec un pipeline d’analyse et un jeu de données d’entrée). La troisième édition aura pour thématique le phénotypage des plantes et se tiendra à Montpellier les 25-26 novembre 2019.
Du : 2019-11-25
Au : 2019-11-26
Lieu : Montpellier, Cirad Lavalette, Batiment 2 Salle 111
Site Web : https://ifb-elixirfr.github.io/ReproHackathon/
Pour vous inscrire, vous devez déjà être membre du GDR MaDICS et identifié sur le site.
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