Offre en lien avec l’Action/le Réseau : TIDS/– — –
Laboratoire/Entreprise : INRAE, unité MIAT
Durée : poste de fonctionnai
Contact : claire.hoede@inrae.fr
Date limite de publication : 2025-03-15
Contexte :
INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.
Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.
Sujet :
https://jobs.inrae.fr/concours/concours-externes-ingenieurs-cadres-techniciens-h-f/ir25-mathnum-1
La plate-forme bio-informatique Genotoul est une équipe de l’Unité MIAT (Mathématiques et Informatique Appliquées INRAE Toulouse). Elle est un membre actif du GIS Genotoul et contribue à développer les ressources nécessaires aux avancées des programmes scientifiques, accompagne les collaborateurs biologistes pour leurs analyses ainsi que les plates-formes de production de données sur l’hébergement de leurs systèmes d’information. Elle contribue à l’animation scientifique et à la formation en informatique, bioinformatique et statistique. Elle est équipée d’une infrastructure matérielle et logicielle adaptée et performante pour la communauté bio-informatique. En 2024, elle héberge près de 1050 comptes utilisateurs, maintient plus de 800 logiciels du domaine, et met à jour régulièrement plus de 140 banques de données. Elle contribue aux projets de recherche par l’industrialisation de certains traitements (RNAseq, assemblage, annotation et métagénomique), l’accompagnement à la mise en oeuvre de nouvelles technologies dans le cadre de projets innovants et le soutien à la résolution de questions spécifiques nécessitant des développements originaux.
Vous serez en charge de répondre aux besoins croissants concernant l’analyse et l’intégration de données omiques multi-échelles. Vous interviendrez en particulier dans les projets dont la complexité du plan expérimental ou du type de données acquises nécessite une expertise en statistique. Vous serez aussi en charge de développer des outils et des méthodes d’analyses statistiques et de modélisation à partir de jeux de données hétérogènes issues d’analyses phénotypiques (éventuellement haut débit), transcriptomique, protéomique, métabolomique, etc. acquises sur les mêmes individus pour automatiser certaines analyses statistiques récurrentes, qu’elles soient standard ou avancées. En outre, vous interviendrez sur :
– la formation en statistique et plus généralement en « data science » (incluant des aspects de programmation) des biologistes du centre INRAE Toulouse Occitanie ;
– la formation aux bonnes pratiques de programmation avancée R ;
– l’appui aux biologistes sur l’intégralité du cycle de vie de la donnée ;
– la veille scientifique pour l’intégration de données et l’analyse des nouveaux types de données qui seront produites par le séquençage haut-débit dans les prochaines années ;
– la définition des procédures qualité liées à ces activités, leur rédaction et leur mise en œuvre.
La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d’analyste ou de chef de projet selon expérience.
Profil du candidat :
Vous avez une formation en mathématiques appliquées et statistique.
Votre profil est celui d’un-e biostatisticien-ne déjà confronté-e à l’analyse de données biologiques, ayant une formation en mathématiques appliquées et des expériences de leur mise en oeuvre pour l’analyse et l’intégration de données omiques.
Vos compétences incluent des connaissances en analyse multivariée des données, en classification non supervisée, sur les modèles classiques en statistique, en programmation R (voire python et C++) et en méthodes d’intégration de données multi-omiques.
Des compétences en inférence et analyse de réseaux, méthodes de machine learning, analyses de séries temporelles, analyses et outils pour l’étude de l’enrichissement fonctionnel seraient un plus.
Une capacité de gestion de projets et d’interaction avec les biologistes partenaires et un goût prononcé pour le travail en équipe sont nécessaires. Des compétences sur la gestion des données, sur la reproductibilité et en calcul sur cluster sont un plus souhaitable.
Formation et compétences requises :
Master, diplôme d’études approfondies, diplôme d’études supérieures spécialisées, diplôme d’ingénieur.
Adresse d’emploi :
Castanet Tolosan