A hybrid approach to the explainability of artificial intelligence algorithms for personalised health care

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : HELP/Doctorants

Laboratoire/Entreprise : LIASD, université Paris 8
Durée : 6 mois
Contact : n.mellouli@iut.univ-paris8.fr
Date limite de publication : 2023-03-30

Contexte :
Over the past decade, there has been active research into healthcare services and their technological advancements. In particular, the Internet of Things (IoT) has demonstrated its potential to connect numerous medical devices, sensors, and healthcare professionals to provide high-quality medical services in remote locations. This trend was greatly enhanced during the COVID-19 outbreak. The result is an increase in patient safety, a decrease in healthcare spending, an increase in accessibility of healthcare services, and an increase in the operational efficiency of the healthcare sector. However, all these benefits are not without negative consequences for patients and even for healthcare workers. Indeed, artificial intelligence is increasingly being integrated into diagnostic systems, taking advantage of the availability of big data.

Sujet :
Over the past decade, there has been active research into healthcare services and their technological advancements. In particular, the Internet of Things (IoT) has demonstrated its potential to connect numerous medical devices, sensors, and healthcare professionals to provide high-quality medical services in remote locations. This trend was greatly enhanced during the COVID-19 outbreak. The result is an increase in patient safety, a decrease in healthcare spending, an increase in accessibility of healthcare services, and an increase in the operational efficiency of the healthcare sector. However, all these benefits are not without negative consequences for patients and even for healthcare workers. Indeed, artificial intelligence is increasingly being integrated into diagnostic systems, taking advantage of the availability of big data. Deep Learning (DL) applied to medical images for the diagnosis of cancer, and other diseases has led to black-box diagnostics systems with astounding results in terms of accuracy that often surpass those by expert clinicians. However, to be used for effective decision support in a perhaps stressed situation, a black-box oracle answer positive/negative is not enough; some explanation is needed. Abduction and Argumentation are two forms of inference where conclusions are drawn according to an underlying theory. Typically, abduction aims to draw an explanation for a set of observations, while argumentation aims to give reasons, or arguments, that support a conclusion against other conflicting conclusions. Abduction is sometimes described as “deduction in reverse”, whereby given a rule “A follows from B” and the observed result “A”, we infer that the condition “B” of the rule (may) hold. More generally, in the context of a logic-based setting, given a set of sentences representing a theory T that models a medical diagnosis domain of interest, and a sentence representing an observation O, abduction returns a set of sentences representing an abductive explanation H for O. The distinguishing feature of this project is to design and develop such tools in a collaborative design (CD) process together with medical staff experienced in the diagnosis and who represents the final users of this technology.
The main research question of this internship is how to link abduction and formal argumentation theory with learning-based approaches to address the aforementioned problem. Indeed, reasoning and learning play a complementary role in decision-making: learning produces the knowledge taken for granted when reasoning, whereas systematic reasoning draws inferences that provide the inductive bias that is assumed as given when learning. Hence, the main goal of the internship is to exploit the synergy between learning and reasoning, especially abduction and argumentation, to enhance learning-based processes.

Profil du candidat :
The internship duration is six months (“stage fin d’études”). The starting date must be before the end of March 2023, preferably at the beginning of the month. We are looking for a candidate interested in this topic with a background in artificial intelligence, knowledge representation and reasoning, formal logic, deep learning, and human-computer interaction.

Formation et compétences requises :
Master’s in Computer Science, Master’s in Data Science

Adresse d’emploi :
140, rue de la nouvelle France
93100 Montreuil,

Document attaché : 202301021626_SujetStage2023-NN-IV-EID.pdf

Deep learning et inférence sur CPU

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : MACLEAN/– — –

Laboratoire/Entreprise : IRISA
Durée : 6 mois
Contact : sebastien.lefevre@irisa.fr
Date limite de publication : 2023-03-30

Contexte :
Voir plus de détails : https://www-obelix.irisa.fr/files/2022/12/internship_burnel.pdf

Sujet :
Evaluation de performance de réseaux de neurones profonds en cas d’inférence sur CPU

Profil du candidat :
Expertise en programmation et deep learning

Formation et compétences requises :
Master ou diplôme d’ingénieur

Adresse d’emploi :
IRISA Vannes, équipe OBELIX

Ingénieur de recherche/chercheur postdoctoral en apprentissage profond pour le suivi de la mégafaune marine à partir de données vidéos 360°

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : MACLEAN/– — –

Laboratoire/Entreprise : IRISA & FEM
Durée : 11 mois
Contact : sebastien.lefevre@irisa.fr
Date limite de publication : 2023-03-30

Contexte :
Ce recrutement s’inscrit dans le projet OWFSOMM sur la standardisation des outils et méthodes de suivi de la mégafaune marine à l’échelle des parcs éoliens offshores (https://www.france-energies-marines.org/projets/owfsomm/).

Sujet :
L’objectif est le développement de solutions deep learning pour l’analyse de vidéos 360°.

Se référer au sujet détaillé pour plus d’infos : https://www.france-energies-marines.org/nous-rejoindre/ingenieur-de-recherche-chercheur-postdoctoral-en-apprentissage-profond-pour-le-suivi-de-la-megafaune-marine-a-partir-de-donnees-videos-360-f-h/

Profil du candidat :
Doctorat ou diplôme d’ingénieur en informatique / mathématiques appliquées / traitement du signal avec spécialisation en vision par ordinateur / apprentissage profond.

Formation et compétences requises :
Doctorat ou diplôme d’ingénieur en informatique / mathématiques appliquées / traitement du signal avec spécialisation en vision par ordinateur / apprentissage profond.

Adresse d’emploi :
Brest ou Vannes

Peut-on imaginer un système décisionnel comme support à l’accès au Droit ? Illustration autour du règlement européen sur l’IA

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : LAMSADE/Cr2D – Université Paris-Dauphine
Durée : 3 ans
Contact : elsa.negre@dauphine.fr
Date limite de publication : 2023-02-15

Contexte :
Doctorat en Informatique avec cas d’usage en Droit.
Il y aura une encadrante en Droit et une encadrante en Informatique.

Financement assujetti au dépôt d’un dossier Sujet+Candidat.

Sujet :
L’objet de ce projet de recherche doctorale serait d’imaginer un système décisionnel (aide à la décision) en s’appuyant sur l’analyse de la manière dont un texte juridique a été adopté puis interprété. Le point de départ serait donc d’accéder, de traiter et d’analyser/interpréter une grande masse de données juridiques comportant l’ensemble des travaux préparatoires à l’élaboration d’un texte juridique.

Un système décisionnel tout comme le droit repose sur différentes étapes pouvant aider les parties prenantes à trouver, entre autres, de l’information pertinente pour améliorer leur prise de décision. Il s’agit donc d’une aide automatisée à la prise de décision qui, elle, reste à la charge de la partie prenante.

Un tel projet part du paradigme qu’un système décisionnel, tout comme l’analyse juridique, suppose d’extraire d’une masse de données, des informations, et de créer de la connaissance. Il s’agira donc de voir dans quelle mesure un système décisionnel pourrait venir en support des analyses de droit.

Profil du candidat :
Candidat.e possédant un M2 en informatique à dominante décisionnel (et éventuellement text mining), avec un attrait fort pour le Droit.

Formation et compétences requises :
M2 en informatique à dominante décisionnel (et éventuellement text mining).

Adresse d’emploi :
Université Paris-Dauphine

Permanent position as junior full-time researcher (CNRS) in artificial intelligence for particle physics

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Laboratoire des 2 Infinis – Toulouse (L2IT)
Durée : permanent / tenured
Contact : jan.stark@l2it.in2p3.fr
Date limite de publication : 2023-01-05

Contexte :
We would like to draw your attention to a job opening for a permanent position as junior full-time researcher in artificial intelligence for particle physics based in Toulouse (France). The position is based at the new “Laboratoire des 2 Infinis – Toulouse” (L2IT).

Are you a colleague with demonstrated experience in the field of advanced artificial intelligence (AI) ? Are you interested in applications to particle physics, but do not have much/any hands-on experience with physics? Please do not hesitate to get in touch with members of the particle physics team at the “Laboratoire des 2 Infinis – Toulouse” (L2IT). We are happy to discuss particle physics, the Higgs boson, the LHC particle collider, our detector … with you. We need a person with demonstrated experience in AI. As long as you are interested, the necessary skills in particle physics can be learnt on the job.

Sujet :
Two of our recent conference proceedings can be found here:

https://cds.cern.ch/record/2815578/files/ATL-ITK-PROC-2022-006.pdf

https://www.epj-conferences.org/articles/epjconf/pdf/2021/05/epjconf_chep2021_03047.pdf

L2IT is a joint research unit of the French national centre for scientific research (CNRS) and the University Toulouse III – Paul Sabatier, created in January 2020. Within the CNRS, the unit is led by IN2P3, the national institute of nuclear and particle physics. The objects of study of the L2IT researchers and engineers are the two infinities – the infinitely small and the infinitely large – and the relationships between the phenomena that govern each of them. We pursue our research within large international collaborations, such as the Virgo and LISA projects in cosmology, and at CERN in Geneva in particle physics. The L2IT is currently composed of 24 people, including 12 permanent members who set up the research teams. L2IT is located on a dynamic campus that includes faculties, schools and laboratories. The strong synergies between the themes of the L2IT and the existing fabric of Toulouse laboratories in physics and computer science are to be exploited.

More general information on L2IT, can be found here:

https://indico.in2p3.fr/event/24978/

and on our website :

L2IT accueil

The title of the position is

High energy physics large data sets and computing for the Large Hadron Collider (LHC) experiments

and it is opened via the “concours chercheurs CNRS”, in section 55:

https://www.cnrs.fr/en/competitive-entrance-examinations-researchers-womenmen

Direct link to the list of available positions:

https://gestionoffres.dsi.cnrs.fr/fo/offres/default-en.php
(committee 55 is right at the end)

Please note that the deadline for applications is on January 5th at 1pm (Paris time). Don’t hesitate to get in touch with us any time between now and the deadline.
Do not hesitate to forward this announcement.

Profil du candidat :
Demonstrated experience in the field of advanced artificial intelligence (AI). Interest in particle physics.

Formation et compétences requises :
A PhD is required.

Adresse d’emploi :
Laboratoire des 2 Infinis – Toulouse (L2IT)
UMR5033 CNRS – Université Paul Sabatier
Maison de la Recherche et de la Valorisation
118 route de Narbonne
31062 TOULOUSE CEDEX 9

E-mail: stark@in2p3.fr
Phone: 06 41 44 08 7
(from abroad: 0033 6 41 44 08 74)

Cinquième Symposium du GDR CNRS MaDICS

Présentation

La cinquième édition du Symposium MaDICS aura lieu les 24 et 25 Mai 2023 à Troyes en présentiel.

Ce Symposium a pour objectif de réunir la communauté MaDICS à l’occasion de conférences scientifiques invitées, de sessions dédiées aux Actions et Ateliers du GDR, mais également d’une demi-journée plus spécialement à destination des doctorants et jeunes chercheurs (cf Appel à posters)… et bien sûr de nombreux moments de convivialité !

En espérant que vous serez nombreux pour partager ce moment ensemble.

Du : 2023-05-24
Au : 2023-05-25
Lieu : Université de Technologie de Troyes, 12 rue Marie Curie (Venir à l’UTT, Plan des bâtiments)

Programme

Mercredi 24 mai 2023
10h00 Accueil et caféHall M
10h30 Session d’ouvertureAmphi C001
Introduction, présentation du GDR et questions
11h00 Keynote Guillaume Levavasseur (IPSL Climate Modeling Center) – Amphi C001
De la production à l’analyse de données massives en modélisation du climat : défis et solutions pour le prochain rapport du GIEC (Résumé)

12h00 Pause repasSalle M104
13h45 Session Actions et Ateliers 1
Action BigData4Astro
Salle P102
Programme
Atelier FedSed
Salle S102
Programme
Action RoCED
Salle S204
Programme
15h45 Pause – Hall M
16h00 Mise en lumière de travaux de Jeunes Chercheuses et Jeunes ChercheursAmphi C001
La session JCJC aura le plaisir d’accueillir les exposés invités suivants :
Paul Boniol (Centre Borelli, ENS Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette)
Detection of Anomalies and Identification of their Precursors in Large Data Series Collections
Maelle Moranges (UMR5292 CNRS / INSERM U1028, CRNL, Lyon)
Analyses d’imageries cérébrales à partir d’extraction de sous-graphes attribués exceptionnels afin d’explorer la variabilité individuelle dans la perception olfactive
Olivier Flasseur (Université de Lyon, Université Lyon 1, ENS de Lyon, CNRS, Centre de Recherche Astrophysique de Lyon UMR 5574, Saint-Genis-Laval)
Exploring the circumstellar environment by direct imaging at high contrast : a focus on data-driven approaches
17h30 Gong showAmphi C001
Flash talks de doctorants
18h30 Session posters avec cocktailHall M
19h30 Fin de la journée
Jeudi 25 mai 2023
9h00 Sessions Actions et Ateliers 2Amphi C002
Action BigData4Astro
Salle P102
Programme
Atelier Educ’Action
S102
Programme
Atelier Musiscale
Salle S204
Programme
11h00 Pause – Hall M
11h15 Keynote Marc Chemillier (Centre d’Analyse et de Mathématique Sociales, EHESS) – Amphi C002
Du machine learning au web scraping : interaction des musiciens de TikTok avec un logiciel d’improvisation musicale (Résumé).

12h15 Pause repasSalle M104
14h00 Sessions Actions et Ateliers 3
Action DOING
Salle P102
Programme
Action DSChem
Salle P202
Programme
Action HELP
Salle S204
Programme
Action SimpleText
Salle C102
Programme
16h00 Fin du Symposium

Programme de l’Action BigData4Astro

Mercredi 24 mai 2023 13h45-15h45 – Salle P102
13h45 Bienvenue, rappel des objectifs et contenu des deux sessions par les responsables de l’Action
14h00 Présentation de Jenny Sorce (Laboratoire CRIStAL, Lille)
From observations to cosmological simulations and back: solving an inverse problem
14h40 Présentation Yohan Dubois (IAP, Paris)
Nouvelles de l’AS Numérique INSU
15h10 Table ronde
Leviers (ou Catalyseurs) de l’interdisciplinarité Données / Astro : Formation, Recrutement, Projets incitatifs.
Possibilité d’intervenant(e)s et invité(e)s en ligne
15h40 Conclusion de la première session
15h45 Fin
Jeudi 25 mai 2023 9h00-11h00 – Salle P102
9h00 Bienvenue, rapide débriefing de la première session
9h10 Présentation de Pierre Palud (Centrale Lille)
Efficient Bayesian inference to solve the mystery of the birth of stars
9h30 Présentation de Roman Le Montagner (IJCLab, Paris-Saclay)
Fink: Enabling discovery of astronomical transients objects in large alert data streams
9h50 Présentation de Anass Bairouk (LIRMM Montpellier)
Astronomical Image Time Series Classification Using Convolutional Attention
10h10 Table ronde
Défi du traitement des masses d’observations astro : dans les méthodes, les outils techniques, les ressources, l’organisation, les compétences.
Possibilité d’intervenant(e)s et invité(e)s en ligne
10h55 Conclusion des deux sessions
11h00 Fin

Programme de l’Atelier FedSed

Mercredi 24 mai 2023 13h45-15h45 Salle S102
13h45 Bienvenue et introduction
Olivier Teste, Marco Lorenzi , Laetitia Kameni et Imen Megdiche
14h00 Présentation de Emmanuel Bacry
État de l’art et défis dans la recherche académique de l’apprentissage fédéré.
14h30 Présentation de Sujeevan Aseervatham (Orange)
Défis de recherche industriels de l’apprentissage fédéré vu par Orange
15h00 Défis cliniques et Dévélopement de la plateforme Fedbiomed (à confirmer)
15h20 Présentation de Omar EL Rifai
L’apprentissage fédéré pour la gestion de données sensibles
15h40 Conclusion
15h45 Fin

Programme de l’Action RoCED

Mercredi 24 mai 2023 13h45-15h45 – Salle S204
Graphes de connaissances et humanité numérique
13h45 Beinvenue et introduction
13h50 Présentation de Nathalie Abadie (IGN)
Enjeux et verrous des graphes de connaissances géohistoriques
14h15 Présentation de Béatrice Markhoff (CITERES)
OpenArchaeo, plateforme Web sémantique pour l’archéologie
14h40 Présentation de Nathalie Hernandez (IRIT)
Les graphes de connaissances pour représenter les unités territoriales en histoire
15h15 Présentation de Molka Dhouib (WIMMICS)
Construction d’un graphe de connaissance à partir des annotations manuelles de textes de zoologie antique
15h40 Conclusion
15h45 Fin

Programme de l’Atelier Educ’Action

Jeudi 25 mai 2023 9h00-11h00 – Salle S102
9h00 Qu’est-ce qu’EDUC’ACTION et comment travaille-t-on ensemble?
Philippe Dessus et Emilie Hoareau : présentation de la fusion des lexiques proposés par les participants venant de différentes disciplines.
9h10 Réflexion collective sur l’éthique
Emilie Hoareau : compte rendu des retours de l’étude des plateformes éducatives – objectifs et historiques, utilisateurs, données.
9h40 Quelques plateformes éducatives en France
Emilie Hoareau : compte rendu des retours de l’étude des plateformes éducatives – objectifs et historiques, utilisateurs, données.
9h50 Questionnaires et entretiens
Salomé Cojean et Alexandra Salou : premières ébauches de questionnaires / entretiens et séance d’échanges avec le public.
Quelles représentations de l’IA et de ses applications pédagogiques auprès des étudiants en informatique et en sciences de l’éducation ?
Quels aspects éthiques sont les plus importants à considérer selon les individus (chercheurs / enseignants / élèves / etc.) ?
Quels aspects éthiques sont à considérer dans une recherche sur l’éthique de l’AIED ?
10h10 Ethiques des plateformes éducatives
Philippe Dessus : compte rendu des questions éthiques soulevées par les plateformes éducatives.
10h35 Quels autres projets menons-nous et comment vous pouvez participer ?
Présentation du projet Emergence de Fabrice Jouanot et des soumissions MIAI de Sihem Amer-Yahia et de Salomé Cojean.
Montage de l’action EDUC’ACTION,
Dynamique de collaborations en sous-groupes,
Projet de publication collective à l’automne.
10h50 Questions et réactions du public
11h00 Fin

Programme de l’Atelier Musiscale

Jeudi 25 mai 2023 9h00-11h00 – Salle S204
9h00 Introduction – Rappels des objectifs et retour sur les précédentes journées d’étude
9h20 Exposé jeune chercheur·se
Louis Couturier
Bomi Yi
Antoine Villedieu
10h20 Ken Déguernel (CRIStAL, Univ Lille)
Modélisation de la structure comme processus compositionnel
10h50 Discussions
11h00 Fin

Programme de l’Action DOING

Jeudi 25 mai 2023 14h00-16h00 – Salle P102
14h00 Introduction de la demi-journée de travail
14h05 Keynote Liat Peterfreund (CNRS, LIGM, Univ. Gustave Eiffel) Bio

A Researcher’s Digest of GQL (résumé)

14h50 Perceval Wajsburt (AP-HP)
Outils de traitement des comptes-rendus cliniques dans les entrepôts de données de santé (résumé)

15h35 Echanges avec Mirian Halfeld Ferrari-Alves (LIFO, Orléans), Anne-Lyse Minard-Frost (LLL, Orléans) et Genoveva Varga-Solar (LIRIS, Lyon)
Les verrous scientifiques du traitement de textes pour la représentation et la découverte d’information et de la connaissance par des techniques de TAL, IA et BD.
16h00 Fin

Programme de l’Action DSChem

Jeudi 25 mai 2023 14h00-16h00 – Salle P202
14h00 Présentation de Dominique Douguet (directrice du GDR BigDataChim)
Présentation du GDR BigDataChim (résumé)

14h40 Présentation de Bertrand Cuissart
L’analyse des données de petite taille peut être importante en chimie (résumé)

15h20 Fin

Programme de l’Action HELP

Jeudi 25 mai 2023 14h00-16h00 – Salle S204
14h00 Nicolas Labroche, Julien Aligon
Ouverture de l’atelier, rappel des objectifs scientifiques
14h10 Présentation de Paul Boniol
“dCAM: Dimension-wise Class Activation Map for Explaining Multivariate Data Series Classification”, publié à SIGMOD 2022.
14h50 Exposé court
14h50 Présentation de Jérémy Rohmer (BRGM Orléans)
“Explainable machine learning to help the prediction of Geoscience processes: introduction with a focus on the challenges” (résumé)

14h50 Table ronde
Devenir de l’action HELP, nouveaux challenges pour la prochaine action Madics.

Programme de l’Action SimpleText

Jeudi 25 mai 2023 14h00-16h00 – Salle C102
14h00 Welcome and Overview of the SimpleText track
14h15 Présentation de Jaap Kamps (University of Amsterdam)
“What Happens when Laypersons Search Scientific Articles?”
14h45 Présentation de Florian Boudin (Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes)
“DELICES : Indexer la littérature scientifique par expansion sémantique”
15h15 Présentation de Hosein Azarbonyad (Elsevier, The Netherlands)
“Answers instead of Articles: Helping Users Understand Scientific Content”
15h35 Table Ronde
The promise of ChatGPT
16h00 Fin

Appel à posters

Le GDR MaDICS organise une session poster spécialement consacrée aux jeunes chercheuses et jeunes chercheurs souhaitant présenter leurs travaux en science des données ou big data. Ils auront ainsi l’occasion de rencontrer des collègues académiques et acteurs industriels intéressés par ces thématiques et présents lors de cette journée.

Bourses

Le GDR MaDICS offre un certain nombre de bourses aux jeunes chercheuses et jeunes chercheurs présentant un poster. Cette bourse permet de couvrir les frais de mission pour la participation à l’ensemble du symposium, selon les règles habituelles de la fonction publique.

Résultats

La sélection pour les posters et les bourses sera faite selon l’adéquation des travaux aux thèmes du GDR et, en ce qui concerne les bourses, selon le nombre de demandes par laboratoire. Les résultats seront diffusés le 18 avril 2023.

Journées Recherche Reproductible : état des lieux

Date : 2023-03-08 => 2023-03-09
Lieu : Institut Pasteur, Paris

Un nombre croissant de chercheurs s’intéresse à la problématique de la reproductibilité, dont la définition même peut grandement varier d’une discpline à une autre (observationnelle, expérimentale, statistique, computationnelle, …). Or, nous avons rarement l’occasion de poser un regard inter-disciplinaire sur nos approches et définitions respectives. Ces journées sont donc un lieu d’échanges et d’information pour dresser un premier état des lieux de la reproductibilité en France. Le but est de favoriser les interventions courtes suivies de discussion permettant à tout un chacun de mieux comprendre les problématiques des autres. Nous essayons donc de rassembler des scientifiques de toutes disciplines.

L’autre but des ces journées est de réfléchir à une organisation nationale nous permettant d’échanger des informations sur les formations, les ateliers, les conférences et de pouvoir péréniser l’organisation de ces journées. Dans de nombreux pays, il existe des réseaux académiques nationaux dédiés à la question de la reproductibilité, comme par exemple au Royaume Uni (www.ukrn.org), en Finlande (www.finnish-rn.org), en Italie (www.itrn.org), en Allemagne (reproducibilitynetwork.de), en Suisse (www.swissrn.org), etc. Un des enjeux de ce workshop est donc de réfléchir à la définition et à la gouvernance d’un tel réseau, à son positionnement vis à vis d’instances comme le COSO (par exemple).

Plus d’information sur notre site !

Lien direct


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Analysis of time series in robotic surgery

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/Doctorants

Laboratoire/Entreprise : IRISA / Rennes
Durée : 24 mois
Contact : simon.malinowski@irisa.fr
Date limite de publication : 2023-01-31

Contexte :
Surgical robotics is now widely used with, for instance, more than 5000 Da Vinci systems and one million procedures performed worldwide. Surgery is a complex activity, in a very small anatomical volume, and with a lot of variability between patients and between surgeons. The global objective of the two-year SPARS (Sequential Pattern Analysis in Robotic Surgery: Understanding Surgery) project led by the MediCIS team (LTSI (1), Inserm, Rennes 1 University) is to develop data analysis approaches being able to provide a better understanding of the surgical practice, from complex surgical data. The approaches will be developed thanks to the complementary skills available in the project’s consortium, including time series analysis. In this consortium, the IRISA laboratory (Rennes and Vannes) is calling for applications for a post-doctoral research position (duration two years) on time series analysis.

(1) Laboratoire Traitement du Signal et de l’Image

Sujet :
In the SPARS project context, a trajectory compiles information on the 3D location of the tip of a surgical instrument at the hands of the surgeon, at a constant frequency. The candidate will be mostly involved in one of the three workpackages of the SPARS project. A first task will focus on clustering and classification for such trajectories. Various practical objectives are pursued, including the generation of a model corresponding to a cluster or a class, the characterization of operating modes specific to a type of patient or a type of surgeon, the provision of advice to practitioners in the case of robotic surgeries that are not or not very well documented, the identification of the level of expertise of a practitioner, the prediction of the surgical procedure to be chosen according to the type of patient. These investigations will use dissimilarity measures based on temporal alignment, as DTW [SC71] or elastic kernels as proposed in [CVB07], [CB17] and [M19a]. This task will also address co-clustering for trajectories. The investigations will focus on how to combine time series with other types of data for a co-clustering purpose, using either deep learning [XCZ19] if enough data is available, symbolic representation [BBC15] or latent block [BLN20] models that all need to be adapted to the specificity of kinematics data.

Once a cluster or a class is obtained, another task will be to compute an average trajectory from a set of trajectories. The practical objectives will be the following: highlight deviations from the average trajectory that are potentially interpretable (as characteristics of the practitioner, or of the patient, for example) ; identify the best operating mode to young practitioners or trainees if it is possible to correlate the operating mode with clinical results. Intuitively, on the graphical representation of a time series, variability related to temporality (phase) concerns the abscissa axis, and variability related to shape concerns the ordinate axis. To compute a consensus trajectory, the second task of the package will examine how to extract the atemporal form and the variable component related to temporality, assuming that this atemporal form may be interpreted as an approximation of the consensus. The problem of shape and phase separation has been studied in [PZ16], [SSV10] and [M19a]. The second task will examine how to improve the preliminary work in [M19b], notably by proposing other kernels.

[BBC15] A. Bondu, M. Boullé, A. Cornuéjols (2015) Symbolic representation of time series: a hierarchical coclustering formalization. In : International Workshop on Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, pp. 3-16.

[BLN20] R. Boutalbi, L. Labiod, M. Nadif (2020) Tensor latent block model for co-clustering. International Journal of Data Science and Analytics, 1-15.

[CVB07] M. Cuturi, J.-P. Vert, O. Birkenes, T. Matsui (2007) A kernel for time series based on global alignments. In: IEEE International Conference on Acoustics, Seepch and Signal Processing, ICAPPS, vol. 2, pp. II–413–II–416.

[CB17] M. Cuturi, M. Blondel (2017) Soft-DTW: a differentiable loss function for time-series. In: International Conference on Machine Learning (ICML), 894-903.

[M19a] P.-F. Marteau (2019) Times series averaging and denoising from a probabilistic perspective on time-elastic kernels. International Journal of Applied Mathematics and Computer Science, 29 (2), 375-392.

[M19b] P.-F. Marteau (2019) On the separation of shape and temporal patterns in time series. Application to signature authentication. https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02373531v2.

[PZ16] V. M. Panaretos, Y. Zemel (2016) Amplitude and phase variation of point processes. The Annals of Statistics, 44(2), 771-812.

[SC71] H. Sakoe, S. Chiba (1971) A dynamic programming approach to continuous speech recognition. In: ICA, Paper 20 CI3.

[SSV10] L. M. Sangalli, P. Secchi, S. Vantini, and V. Vitelli (2010) k-mean alignment for curve clustering. Computational Statistics and Data Analysis, 54(5), 1219-1233.

[XCZ19] D. Xu, W. Cheng, B. Zong et al. (2019) Deep co-clustering. In: SIAM International Conference on Data Mining (SDM), 414-422.

Profil du candidat :
Documents to be provided :

Profile with Doctorate:
– detailed Curriculum Vitae including a complete list of publications
– letter of motivation indicating the candidate’s research interests and achievements to date,

– a selection of publications,

– letters of recommendation for the current year,

– contact details of two referees (at least) with whom the candidate has worked (first name, surname, status, institution (give details of acronyms if applicable), city, e-mail address, telephone number)

Profile with Master degree:
– detailed Curriculum Vitae
– letter of motivation,

– Master 2 marks (with rank and number of students in the year)
– letters of recommendation for the current year,

– contact details of two referees (at least) with whom the candidate has worked (first name, surname, status, institution (give details of acronyms if applicable), city, e-mail address, telephone number)

Questions or application files (zip archive only) should be sent to the four contact persons below:

simon.malinowski@irisa.fr

christine.sinoquet@univ-nantes.fr

pierre-francois.marteau@univ-ubs.fr

pierre.jannin@univ-rennes1.fr (SPARS project leader)

Simon Malinowksi http://people.irisa.fr/Simon.Malinowski/

Christine Sinoquet https://christinesinoquet.wixsite.com/christinesinoquet

Pierre-François Marteau https://people.irisa.fr/Pierre-Francois.Marteau/

Pierre Jannin https://medicis.univ-rennes1.fr/members/pierre.jannin/index

Formation et compétences requises :
PhD Degree in computer Science
Knowledge of machine learning with temporal data

Adresse d’emploi :
IRISA
Campus de Beaulieu
Rennes

Apprentissage semi- et auto-supervisé exploitant du clustering avec connaissances

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : LIFO
Durée : 6 mois
Contact : thi-bich-hanh.dao@univ-orleans.fr
Date limite de publication : 2023-01-31

Contexte :
La cartographie du potentiel minéral consiste principalement à déterminer le lien statistique entre un ensemble d’occurrences minérales (points) et une carte géologique (polygones) dans le but d’indiquer des zones favorables en termes de potentiel minier. La majorité de ces cartes de favorabilité sont générées par des techniques numériques, et notamment depuis quelques années par des méthodes d’intelligence artificielle. Cependant les méthodes actuelles comportent des défauts liés à la qualité des données, à la présence d’approximations infondées et à l’utilisation de méthodes supervisées sur des données majoritairement non annotées [1,2]. Nous nous intéressons à explorer de nouvelles pistes pour améliorer la précision de la cartographie prédictive du potentiel minéral par le couplage d’une part de l’intégration de connaissances géologiques dans des algorithmes de clustering afin d’obtenir des clusters mieux fondées géologiquement, et d’autre part de l’utilisation de méthodes d’apprentissage semi-supervisé ou auto-supervisé pour la construction de carte.

Ce sujet s’intègre dans le cadre du projet ANR Contrats doctoraux IA.iO Artificial Intelligence in Orléans: Learning from heterogeneous data and expert knowledge. Applications in geological and environmental sciences. Le stage sera encadré conjointement par des membres du LIFO et des membres du BRGM. Un financement de thèse est prévue suite à ce sujet.

Sujet :
L’objet du stage est d’étudier les deux volets :
utilisation de méthodes de clustering existantes et intégration de connaissances [3,4,5] en vue d’améliorer les données d’entrées des modèles de prédictivité minérales. Les connaissances géologiques sont des ontologies développées au BRGM.
étude de méthodes semi-supervisées ou auto-supervisées pour détecter des anomalies sur la carte géologique en tirant partie de l’apprentissage non-supervisé (clustering). Le résultat du clustering sera utilisé avec peu de données labellisées pour améliorer le modèle de prédiction d’apprentissage semi-supervisé ou auto-supervisé [6, 7].
Les solutions à étudier incluent l’apprentissage non-supervisé, et l’apprentissage profond avec faible supervision.

Travail attendu :
– Rapport d’étude des méthodes d’apprentissage non-supervisé sur les données géologiques.
– Rapport d’étude des méthodes auto- et semi- supervisées existantes tirant partie de l’apprentissage non-supervisé.
– Etude et implémentation d’une nouvelle méthode (ou amélioration d’une méthode existante)

Profil du candidat :
– Profil Informatique, machine learning ou mathématique appliquée.
– Capacité de synthèse et de rédaction permettant une restitution régulière, claire et efficace du travail effectué.

Formation et compétences requises :
Master et/ou école d’ingénieur en Mathématiques/Informatique

Adresse d’emploi :
Les candidats sont encouragés à nous contacter au plus tôt possible. Envoyez nous votre candidature à Thi-Bich-Hanh Dao (thi-bich-hanh.dao@univ-orleans.fr) en joignant votre dossier en un seul fichier pdf, comprenant un CV, une lettre de motivation et vos relevés de notes depuis le baccalauréat. Les documents peuvent être en anglais ou en français.

Document attaché : 202212150852_Stage-2023.pdf

Ingénieur(e) de recherche – Développement d’un environnement digital des plateformes scientifiques

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : CEDRIC, CNAM
Durée : 12 mois
Contact : elena.kornyshova@cnam.fr
Date limite de publication : 2023-01-31

Contexte :
Le Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM) et l’Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN, i.e. l’expert public en matière de recherche, d’expertise et de surveillance relatives à la sûreté nucléaire et aux risques radiologiques liés à la protection de l’homme et de l’environnement) se sont associés dans un projet commun de Cartographie Immersive Etendue (CIE) afin d’innover l’environnement digital des chercheurs. Dans ce cadre, nous recrutons un ingénieur de recherche dont la mission est de proposer les premières fonctionnalités du projet CIE intégrant une démarche de fouille de processus, base des enjeux de suivi et d’adaptation du dispositif au besoin des chercheurs.

Sujet :
L’IRSN exploite un ensemble d’installations expérimentales, d’équipements scientifiques et techniques, de moyens de métrologie et de moyens mobiles spécialisés d’intervention. Ces moyens sont regroupés par Plateformes Scientifiques et Techniques (PST). Le projet de Cartographie Immersive Etendue (CIE) a pour objectif de mettre en place un environnement digital facilitant la vie au quotidien des chercheurs (chercheurs # les équipes de recherche – chef de laboratoire, techniciens, ingénieurs, chercheurs, thésards…) utilisant des PST. Ce projet vise à recentrer le chercheur sur ses activités de recherche en améliorant/optimisant ses activités périphériques : partage/diffusion d’informations en interne de l’organisation, animation de communautés internes et externes, promotion scientifique, suivi économique/contractuel simplifié…
La mission couvre le périmètre de l’exploitation des données des PST (Base de données web – utilisation de la solution : https://www.bdi.fr/fr/plateforme-craft/) dans 2 espaces communautaires distincts (Digital workplace multi-PST et Digital workplace dédié à une PST spécifique – utilisation de la solution : https://www.jalios.com/). L’utilisation de la visite virtuelle comme levier d’adhésion pourra être prise en compte (Outil utilisé – https://vrtice.com/).
Travaux à réaliser :
• Préparer un état de l’art des travaux existants dans le domaine des dispositifs d’UX et d’EX applicables au contexte du périmètre ;
• Consolider l’analyse des besoins des utilisateurs menée par l’Université de Nice afin d’identifier notamment la liste des exigences fonctionnelles et techniques ;
• Participer à la définition de l’architecture cible de l’environnement digital en tenant compte du système d’information en place et des règles d’urbanisation ;
• Faire des recommandations de fouille de processus intentionnel pour une amélioration de l’efficacité des dispositifs et le renforcement de l’adhésion des utilisateurs ;
• Sur la base de l’analyse des besoins, et des dispositifs pilotes, coordonner la réalisation de POCs (support d’un alternant M2) intégrant le monitoring de fouille de processus.

Profil du candidat :
Bac+5 en Informatique.
Publications souhaitées.
Autonomie

La candidature doit inclure :
– Curriculum Vitae à jour ;
– Lettre de motivation ;
– Le rapport de master ;
– Les publications liées aux travaux de recherche du candidat ;
– Eventuellement une ou plusieurs lettres de recommandation.

Formation et compétences requises :
Compétences en ingénierie des systèmes d’information, fouille de processus, programmation Web

Adresse d’emploi :
2, rue Conté, 75003, Paris