Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Institut de Neurosciences de la Timone, INT, Marse
Durée : 4-6 mois
Contact : sylvain.takerkart@univ-amu.fr
Date limite de publication : 2022-07-31

Contexte :
L’Institut de Neurosciences de la Timone (INT, http://www.int.univ-amu.fr ) est une unité mixte de recherche qui a pour objectif de développer des recherches interdisciplinaires en neuroscience. Situé sur le Campus de la Faculté de Médecine d’Aix Marseille Université, il est doté de plateformes technologiques de haut niveau au service d’équipes de recherche en neurosciences théoriques et expérimentales.

Sujet :
Dans le cadre du plan national pour la science ouverte (https://www.ouvrirlascience.fr/plan-national-pour-la-science-ouverte/), la mise en place de procédures d’ouverture des données scientifiques récoltées en neurosciences reste un challenge. En effet, ces données sont complexes et la mise en place de standards basés sur des formats de données ouverts sont des initiatives récentes. En particulier, les microscopes de dernières génération qui permettent d’enregistrer l’activité cérébrale en temps réel fournissent des gros volumes de données qu’il est important de gérer de manière efficace afin d’obtenir des données FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Intéropérables, Réutilisables : https://www.go-fair.org/fair-principles/). L’objectif de ce stage est de développer des composants logiciels open source qui permettront la production de données FAIR-by-design en partant des données brutes acquises sur les microscopes récemment acquis dans le laboratoire.

Profil du candidat :
Nous recherchons un.e candidat.e qui soit:
– curieux.se pour les applications en imagerie biomédicale;
– volontaire et sachant avancer de manière autonome;
– bon.ne communiquant.e et sachant partager ses progrès et les obstacles rencontrés;
– motivé.e pour coder dans un environnement “open source”.

Le stage peut se dérouler sur toute l’année 2022, suivant le calendrier des stages du cursus suivi par le.la candidat.e.

Formation et compétences requises :
Formation: bac + 4 ou bac + 5, cursus « Sciences des données » ou « Développement logiciel »

Compétences requises:
– bonne connaissance de l’écosystème des sciences des données
– maitrise des concepts avancés en développement logiciel (test unitaires, gestion de version avec des outils de type GIT, intégration continue, etc.)
– maitrise du langage python
– connaissances en mathématiques appliquées et en algorithmie
– intérêt pour la biologie et/ou les neurosciences et/ou l’imagerie médicale

Adresse d’emploi :
Institut de Neurosciences de la Timone, INT
27 boulevard Jean Moulin
13005 Marseille