Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –
Laboratoire/Entreprise : Institut Francais de Bioinformatique
Durée : 12 mois
Contact : alban.gaignard@univ-nantes.fr
Date limite de publication : 2021-10-03
Contexte :
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) [1] recrute un ingénieur d’études pour le développement de standards (Schema.org) et l’indexation de données en sciences de la vie.
Il s’agit d’un CDD de 12 mois, renouvelable jusqu’à 24 mois, dans un laboratoire de recherche Nantais (plateforme de bioinformatique BiRD [2], Institut du Thorax, LS2N).
Ce poste pourra intéresser de jeunes diplômés souhaitant développer de nouvelles compétences sur la FAIRification de données et logiciels, ou bien des ingénieurs plus expérimentés souhaitant contribuer à la standardisation de métadonnées à l’échelle européenne (Elixir [3], Bioschemas [4]).
Les détails de l’offre sont sur le site du CNRS : https://bit.ly/3jwUtRw
[1] https://www.france-bioinformatique.fr
[2] https://pf-bird.univ-nantes.fr
[3] https://elixir-europe.org
[4] https://bioschemas.org
Sujet :
L’ingénieur-e sera en charge de:
1) développer un outil logiciel d’extraction de métadonnées Bioschemas [2] et d’assemblage de jeux de données ouverts et requêtables via les standards du web sémantique,
2) proposer un catalogue de requête combinant des méta-données Bioschemas de différente nature (e.g. entités biologiques, matériel de formation, algorithmes, workflows, etc.).
Profil du candidat :
Informaticien de niveau minimum Bac + 5 (Master, Master Pro, ingénieur, …) ou expérience équivalente.
Une formation de bioinformaticien avec une forte composante en développement logiciel pourra également convenir.
Formation et compétences requises :
De très bonnes connaissances en développement logiciel sont attendues. Une expérience en développement web ou de base de données est un plus. Une expérience dans le développement collaboratif de ressources ouvertes est également un plus.
Connaissances et aptitudes professionnelles
– capacités d’abstraction et de modélisation
– conception et qualité logicielle (Model/Test Driven Development)
– maîtrise d’un des langages de programmation: Java, Python
– connaissance de git pour le développement collaboratif
– connaissance des formats et protocoles d’échange de données sur le web (e.g. JSON, JSON-LD, YAML, HTTP)
– capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, initiative, sens de l’organisation et du travail en équipe
– bonne maîtrise de l’anglais oral et écrit
– capacités de travail à distance
Connaissances additionnelles appréciées
– modélisation et représentation des connaissances
– standards et technologies du web sémantique (OWL, RDF, JSON-LD)
Adresse d’emploi :
Institut du Thorax, 8 quai Moncousu, 44000 Nantes