Offre en lien avec l’Action/le Réseau : SaD-2HN/– — –

Laboratoire/Entreprise : ICube Strasbourg
Durée : 6 mois
Contact : florence.leber@engees.unistra.fr
Date limite de publication : 2026-11-20

Contexte :
Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet de recherche TRACES financé par l’ANRS Maladies infectieuses émergentes (ANRS MIE) et qui a pour objectif le développement d’outils pour la recherche de pistes originales de lutte contre la tuberculose. Pour cela, un groupe de recherche interdisciplinaire s’intéresse aux pharmacopées anciennes. La mise en place d’une base de données est alors essentielle pour, d’une part, stocker les informations produites par les chercheurs du groupe ou issues d’autres sources et utiles pour leurs travaux, d’autre part, permettre une analyse des données pouvant intégrer les informations de toutes les disciplines pertinentes. Le modèle retenu est celui de la Wikibase sur laquelle repose la base de connaissances Wikidata.

Sujet :
Le sujet de ce stage s’inscrit dans ce cadre et vise à mettre en place l’ensemble du processus allant de la modélisation à la fouille des données, voire leur visualisation. Il s’agira de réfléchir dans un premier temps à la mise en place d’un modèle de stockage des informations sur des remèdes (préparations médicales) : médecin ayant proposé le remède et manuscrit dans lequel il l’a fait, remède lui-même, sa composition, les maladies et symptômes traités, les molécules présentes dans les ingrédients et les principes actifs identifiés. Ce modèle devra intégrer les incertitudes possibles sur les traductions faites des textes anciens (ingrédients, maladies et symptômes) et les résultats des chercheurs. Il reprendra autant que possible les propriétés utilisées dans Wikidata si celles-ci décrivent correctement ce qu’est la donnée, en définira de nouvelles sinon.
Ensuite des outils de fouille de données seront développés afin d’aider les chercheurs du projet travaillant sur la recherche de pistes pour de nouveaux médicaments. Il s’agira notamment de proposer des outils de découverte de sous-graphes dans la base Wikidata afin de mettre en évidence des récurrences dans les compositions/préparations des remèdes, avec la possibilité de considérer les ingrédients (végétaux, minéraux, animaux) à différents niveaux de leur taxonomie, voire au niveau moléculaire. Ces outils devront permettre de gérer les éventuelles incertitudes sur les données.

Profil du candidat :
Master 2 ou 3ème année ingénieur en Informatique

Formation et compétences requises :
Compétences en modélisation et fouille de données
Intérêt pour le travail en lien avec d’autres disciplines (histoire et biochimie)

Adresse d’emploi :
ICube UMR 7357 | Laboratoire des sciences de l’ingénieur, de l’informatique et de l’imagerie
300 bd Sébastien Brant – CS 10413 – F-67412 Illkirch Cedex

Document attaché : 202610191133_stage_BDpharmaco_ICube.pdf