Offre en lien avec l’Action/le Réseau : DSChem/– — –

Laboratoire/Entreprise : Equipe sciences des données de spectrométrie de ma
Durée : 24 mois
Contact : etienne.thevenot@cea.fr
Date limite de publication : 2026-10-31

Contexte :
La création de bases de données de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) est un enjeu majeur pour l’entrainement de modèles d’IA afin de prédire la structure des petites molécules [1]. La constitution de telles bases de données nécessite le développement de workflows computationnels pour planifier les acquisitions, traiter les données, et les formater [2]. Dans le cadre de l’infrastructure de métabolomique (MetaboHUB) et du projet d’IA pour l’élucidation structurale (e-Lucid), de nouvelles données MS/MS multi-modales sont en cours d’acquisition (multiplicité des technologies et des conditions de fragmentation).

[1] Rutz,A. et al. (2026) MultiMS2: A curated multi-modal, multi-energy spectral library for metabolomics. Gigascience. https://doi.org/10.1093/gigascience/giag069.
[2] Brungs,C. et al. (2025) MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries. Nat Methods, 1–4. https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-l1tqh-v3.

Sujet :
L’ingénieur·e sera chargé·e de développer les workflows computationnels haut-débit pour traiter ces données, créer les bases de données et les diffuser dans la communauté. Les workflows incluront notamment les modules de planification des expériences, de recherche des métadonnées associées aux molécules, de traitement des spectres, de leur matching avec les bases de données spectrales publiques, de leur indexation, de leur harmonisation, de leur formatage pour l’IA au sein de bases de données compatibles avec l’entrainement des modèles, et de la diffusion de ces bases de données et des librairies logicielles de traitement dans un contexte FAIR auprès des communautés informatiques et expérimentales.

Profil du candidat :
Nous recherchons un·e ingénieur·e bioinformaticien·ne avec une solide formation en programmation Python, traitement des données, gestion de workflow (e.g., Nextflow, Galaxy) et bases de données (e.g., PostgreSQL), et si possible une expérience des données de spectrométrie de masse MS/MS.

Formation et compétences requises :

Adresse d’emploi :
L’équipe Odiscé du CEA Saclay, membre de l’infrastructure nationale de métabolomique MetaboHUB, est spécialisée depuis plus de 15 ans dans le développement de méthodes en informatique mathématique (traitement du signal, machine learning, chémoinformatique, gestion de workflows) et de librairies logicielles innovantes en sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique de population. Les données et algorithmes sont mis à disposition de la communauté notamment grâce à une suite logicielle, également disponible sous Galaxy/Workflow4Metabolomics.

Document attaché : 202609220809_Offre-CDD-CEA_Ingenieur-des-donnees-de-spectrometrie-de-masse-pour-elucidation-structurale_Thevenot_v4.pdf