Offre en lien avec l’Action/le Réseau : DOING/– — –

Laboratoire/Entreprise : INRAE
Durée : fonctionnaire
Contact : simon.de-givry@inrae.fr
Date limite de publication : 2024-03-30

Contexte :
https://jobs.inrae.fr/concours/concours-externes-ingenieurs-cadres-techniciens-h-f/ir24-mathnum-3

L’unité “Mathématiques et Informatique Appliquées Toulouse” (MIAT) a pour mission de développer des méthodes mathématiques et/ou informatiques pour résoudre des problèmes identifiés avec nos collaborateurs biologistes et agronomes. L’unité est composée de deux équipes, SaAB et SCIDYN, et de deux plateformes, la plateforme GENOTOUL-bioinfo et la plateforme RECORD.
Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe Statistiques et Algorithmique pour la Biologie (SaAB).
Une partie importante de l’activité de l’équipe SaAB est menée en intelligence artificielle (IA) pour les sciences du vivant. L’équipe SaAB est composée de 10 personnes (DR, CR, IR et IE). Sur la thématique de l’IA, l’équipe SaAB mène des travaux en optimisation discrète (dans les modèles graphiques) et programmation par contraintes depuis plus de vingt ans. Elle intègre ses travaux dans la plateforme open-source toulbar2. Plus récemment, elle développe des travaux hybrides à l’interface de l’optimisation et du machine learning, notamment avec l’arrivée d’une CR en 2018 et commence à investir le thème des réseaux de neurones profonds.
L’équipe collabore en IA au niveau régional (Institut d’Intelligence Artificielle de Toulouse, Université Paul Sabatier, CNRS), national (MIA Paris, Universités de Caen, Marseille et Montpellier et Télécom Paris) et international (Universités de Aalto, Barcelone, Cork, Heidelberg, Hong-Kong et Prague). Les fruits de ses travaux en IA sont appliqués en génétique (unité GenPhySE), en métabolomique (Télécom Paris, Université de Aalto, INRIA), en réseaux de gènes (unité LIPME) et en design de protéines (Toulouse Biotechnology Institute, Duke University, KU Leuven). Par le passé, des applications en agronomie (planification/conception, SCIDYN, unité Écodéveloppement) ont également été abordées.

Sujet :
Pour les applications d’intérêt, vous aurez le rôle de responsable opérationnel-le et d’interface avec nos partenaires. Vous aurez en charge la mise en oeuvre de la modélisation, des méthodes et leurs expérimentations pour permettre aux chercheurs de l’équipe d’apporter de manière plus efficace leur expertise sur les questions finalisées et continuer à développer la méthodologie.
Vous interviendrez de façon plus spécifique en appui au développement de code en IA. Notamment, le code source de toulbar2 est en C++ pour des raisons d’efficacité et une interface (ou package) en Python est ajoutée pour faciliter la réutilisation du programme. Vous développerez des solutions pour l’optimisation de code et la parallélisation (GPU). Vous contribuerez à pérenniser les résultats des travaux de recherche de l’équipe et à avoir une science ouverte avec la diffusion de logiciels libres de qualité, performants, extensibles et fédérateurs. La maîtrise des outils d’intégration et de livraison continue (CI/CD) doit vous permettre d’y contribuer.

Profil du candidat :
Des connaissances approfondies en algorithmique sont indispensables. Vous avez de bonnes notions sur au moins l’un des domaines IA de l’équipe (Recherche Opérationnelle (RO) / programmation par contraintes ou apprentissage automatique / réseau de neurones).
Pour assurer vos missions, vous avez des compétences avérées en développement logiciel, notamment avec le langage de programmation C++. Une expérience d’une API GPU type CUDA/OpenCL serait appréciée. Idéalement, vous avez déjà démontré votre capacité à concevoir des logiciels diffusables via CI/CD (gitlab, github,…).
Enfin, vous avez des qualités relationnelles affirmées pour travailler en équipe, une rigueur scientifique, de solides facultés d’organisation, de bonnes compétences pédagogiques et la capacité à vous adapter. Des qualités rédactionnelles en anglais sont indispensables.

Formation et compétences requises :
Master, diplôme d’études approfondies, diplôme d’études supérieures spécialisées, diplôme d’ingénieur.

Adresse d’emploi :
INRAE, MIAT, Chemin de Borderouge, 31326 Castanet Tolosan cedex