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Laboratoire/Entreprise : Equipe Phenomen / Cirad
Durée : 6 mois
Contact : christophe.pradal@inria.fr
Date limite de publication : 2023-04-20

Contexte :
Dans le cadre de la thèse de Cyrille Midingoyi et de l’initiative international AMEI (Agriculture Model Exchange Initiative), nous avons récemment développé le système de transformation de modèles,
Crop2ML (Crop Modelling Meta Language) (Midingoyi et al., 2020 ; 2021). Crop2ML permet la réutilisation et l’échange de composants de modèles entre plateformes de modélisation internationales (STICS, DSSAT, SimPlace, BioMA, APSIM et OpenAlea).
Ce système ouvert et transparent représente un changement important pour la communauté scientifique. Il permet de développer des composants de modèles en respectant les principes FAIR de la science ouverte (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable).

Au sein de l’équipe Phenomen, nous avons plusieurs modèles de plante (Ecomeristem), et de cultures (Samara) qui pourraient être intégrer au sein de cette plateforme. Cependant avant que cela ne soit possible, il y a un besoin de recodage, notamment du modèle Samara, pour pouvoir faciliter sa modularisation et sa prise en main pour les chercheurs de l’équipe (France, Sénégal, Cambodge, Madagascar).

Samara est un modèle de culture qui simule la croissance et le développement d’une culture á l’échelle de la parcelle. La particularité de ce modèle repose sur l’inclusion explicite de la morphologie de la plante. Ainsi, la croissance des plantes et des organes n’est pas seulement limitée par l’assimilation du carbone (source ou offre), mais aussi par sa demande, qui correspond à la capacité des puits accumulée pour la croissance et la respiration au cours d’une journée donnée. Samara a été développé, il y a une quinzaine d’année, d’abord sous delphi, puis retraduit sur C++. Il y a maintenant un besoin de renouveau dans le code.

Sujet :
L’objectif de ce stage sera de retranscrire le code C++ de samara en code intégrable dans la plateforme Crop2ML.

Activité 1. Retranscrire le code C++ de samara en du code lisible pour tous, documenté et intégrable dans Crop2ML (CyML proche de Python).

Activité 2. Travailler sur la modularisation de Samara, via la mise en place d’un schéma conceptuel des différents processus modélisés du modèle.

Activité 3. Concevoir un environnement de modélisation utilisant Crop2ML permettant à des agronomes et éco-physiologistes non informaticiens de faire évoluer les sous-modèles.

Activité 4. Simulation et/ou optimisation du modèle à partir de données existantes et formation/transfert de la méthode auprès des utilisateurs.

Profil du candidat :
Ingénieur informaticien ou ingénieur agronome avec une aptitude á coder

Formation et compétences requises :
– Coder en Python et R. Connaissances en C++ utiles.
– Esprit logique et connaissance ou aptitude á comprendre les processus de croissance et développement de la plante.
– Capacité à interagir avec différentes disciplines, et instituts

Adresse d’emploi :
CIRAD Campus de Lavalette – Avenue Agropolis Montpellier

Document attaché : 202211232110_offre-stage-samara.pdf