Clustering under constraints for multivariate and heterogeneous time series – Application to hydrological data

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : ICube laboratory
Durée : 3 ans
Contact : lafabregue@unistra.fr
Date limite de publication : 2024-05-23

Contexte :
This thesis is part of the field of unsupervised or weakly supervised learning applied to temporal data. Clustering, which consists in partitioning the set of analyzed objects into groups or clusters, is one of the most widely used approaches and relies on a similarity measure between objects. In particular, sequence clustering raises problems related to measuring similarity between two individuals. For example, in river monitoring, certain phenomena occur at an annual frequency linked to the natural water cycle, but may be shifted in time due to geographical distance and local meteorology. Similarity measures must be able to take these potential shifts or slight distortions in time into account. Numerous methods have been proposed in the literature to take these specificities into account, such as Dynamic Time Warping, Longest Common SubSequence or, more recently, representations using shapelets or neural networks.

Sujet :
The main objective of this thesis is to develop new approaches for measuring similarity between two multivariate time series, taking into account missing values distributed heterogeneously in time and between variables. The aim is to define solutions for integrating temporal information (spacing between two time steps, temporal frequencies of measurements, etc.) into the calculation of similarity. We will also look at how to integrate the expert’s knowledge via annotations, also known as constraints (e.g. proximity/remoteness between two individuals based on external information), concerning both temporal and spatial links between different individuals, in order to improve the correspondence between the clustering obtained and the expert’s expectations. These approaches will be experimented on river monitoring data that raise various problems, due to their number, their diversity, and their spatial and temporal heterogeneity.
Work will focus on the following questions:
– clustering vector sequences, where vectors contain parameters that can be measured at different time steps
– taking into account temporal (seasons) and geographical (hydrographic regions) constraints
– coupling physico-chemical and biological or hydrological data (different measurement frequencies)
– exploring the limits of the proposed methods in terms of number and size of sequences

Profil du candidat :
– Master 2 in Computer Science
– Training in data science, data mining, machine learning

Formation et compétences requises :
– Excellent knowledge of machine learning and knowledge modeling
– Excellent programming skills in Python or R
– Excellent communication and writing skills in English (French not mandatory)
– An interest in the application’s subject

Adresse d’emploi :
The thesis will be carried out at the ICube laboratory in Illkirch (near Strasbourg).

Document attaché : 202403191713_sujet_these_hydro.pdf

Invitation to Submit Extended Abstracts to the 15th Traffic & Granular Flow (TGF) Conference 2024 in Lyon

Date : 2024-12-02 => 2024-12-05
Lieu : Lyon, France

Dear Colleagues,

We are thrilled to announce the opening of extended abstract submissions for the 15th edition of the Traffic & Granular Flow (TGF) Conference, a pivotal event that has been fostering interdisciplinary collaboration since 1995.
This year, we are pleased to host the conference in the beautiful city of Lyon, France, from December 2nd to December 5th, 2024, perfectly timed just before Lyon’s renowned Light Festival.

Conference Highlights:
Dates: December 2nd to December 5th, 2024
Location: Prestigious venues in Lyon – the Palais Hirsch and the Palais de la Bourse
Extended Abstract Submission Deadline: May 31st, 2024 (firm deadline)
Submission Portal: https://tgf2024.sciencesconf.org/

Invited Speakers:
We are honored to confirm the participation of the following esteemed speakers, who will be sharing their latest research and insights across our broad spectrum of topics:

Ernesto Altshuler, Univ of Havana, Cuba
Karol Bacik, MIT, Cambridge, USA
Denis Bartolo, ENS, Lyon, France
Xiaowen Chen, ENS, Paris, France
Marta Gonzalez, UC-Berkeley, USA
Eleni Vlahogianni, NTUA, Athens, Greece
Nathalie Vriend, CU-Boulder, USA
Iker Zuriguel, Univ of Navarra, Spain

Their contributions will spark exciting inter-disciplinary dialogue and knowledge-sharing at TGF 2024, offering invaluable perspectives from across the globe.

Expected Contributions:
TGF 2024 aims to provide a comprehensive overview of the latest developments across a broad spectrum of topics related to traffic and granular flow.
This includes but is not limited to:
– traffic modelling and analysis
– granular and active flows
– pedestrian dynamics
– collective dynamics of biological systems

Our goal is to facilitate an exchange of high-quality research findings and innovative ideas that can shape the future of these fields.

Commitment to Sustainability:
In line with our commitment to a sustainable future, we encourage participants to:
Use the Labos1point5 simulator to assess and minimize the carbon footprint of their travel.
Extend their stay beyond the conference duration for local academic collaborations. Interested participants should contact the Organising Committee for potential arrangements with Institut Lumière Matière or LICIT.
Proceedings Publication:
Selected high-quality papers will be published in Open Access in EPJ Web of Conferences, ensuring wide dissemination and accessibility of your research.

Local Organising Committee:
Nicolas BAIN, CNRS, Institut Lumière Matière
Angelo FURNO, ENTPE-Univ. Gustave Eiffel, LICIT-ECO7
Alexandre NICOLAS, CNRS, Institut Lumière Matière
Osvanny RAMOS, Univ. Lyon 1, Institut Lumière Matière
Adèle DOUIN, Univ. Lyon 1, Institut Lumière Matière
We invite academic experts, practitioners, and all interested in the fields of physics, computer science, engineering, and beyond to submit their extended abstracts and join us for what promises to be an enlightening and memorable conference.

For more details, including submission guidelines and conference logistics, please visit our website https://tgf2024.sciencesconf.org/ or contact us directly at tgf2024@sciencesconf.org.

We look forward to welcoming you to Lyon for an engaging and inspiring TGF 2024.

Warm regards,

The TGF 2024 Local Organising Committee

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Exploitation de données multidimensionnelles longitudinales pour le monitoring avancé de bioprocédé

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : StatSC Oniris VetAgroBio Nantes
Durée : 6 mois
Contact : veronique.cariou@oniris-nantes.fr
Date limite de publication : 2024-04-15

Contexte :
La digestion anaérobie, ou méthanisation, est un bioprocédé permettant de convertir la matière organique en biogaz, riche en
méthane. Ce bioprocédé est utilisé de plus en plus largement à l’échelle industrielle pour la valorisation des déchets organiques
en énergie renouvelable. Il repose sur l’activité d’une communauté microbienne complexe, dynamique, et sensible aux
variations des conditions opératoires. Cette sensibilité peut avoir pour conséquence une instabilité du procédé, et des
répercussions importantes pour les opérateurs. Afin d’optimiser la digestion anaérobie, une compréhension approfondie du
fonctionnement des communautés microbiennes, en particulier face à des stress, est essentielle. Les méthodologies haut-débit
omiques s’avèrent des outils particulièrement pertinents pour cela. La métagénomique, la métatranscriptomique, la
métabolomique et la métataxonomique permettent en effet de caractériser une communauté microbienne à différents
niveaux de son fonctionnement. Ces approches sont particulièrement intéressantes lorsqu’elles sont utilisées dans un contexte
longitudinal, c’est-à-dire en analysant une suite temporelle d’échantillons plutôt que des échantillons uniques. Ainsi, il est
possible de mieux saisir la dynamique de l’écosystème microbien suite à un changement de paramètre opératoire ou à un
stress, et de proposer des solutions pour limiter les répercussions sur le procédé.
Cependant la plupart des méthodes statistiques utilisées pour analyser les données omiques ne tiennent pas compte
explicitement de la temporalité, et traitent les différents points de temps comme des échantillons indépendants. Pour exploiter
pleinement le potentiel des données longitudinales et prendre en compte le lien temporel entre les échantillons, la création
de pipelines analytiques spécifiques est requise. Ces pipelines permettraient d’identifier les marqueurs biologiques associés à
l’évolution des conditions opératoires et à l’évolution des performances des procédés. On pourrait chercher des liens entre les
dynamiques temporelles des microorganismes et faire des hypothèses biologiques. On pourrait également envisager de
déconvoluer l’effet des différents facteurs sur les dynamiques microbiennes et par exemple distinguer la dynamique naturelle
de l’écosystème de l’effet spécifique d’un paramètre donné.

Sujet :
Dans ce contexte, l’objectif du stage sera de mettre en place un pipeline analytique spécifique pour la valorisation des données
omiques longitudinales issues de bioprocédés. Différents défis statistiques seront à résoudre (Kodikara et al. 2022). Des jeux
de données omiques (metataxonomique, métagénomique, métabolomique) issues d’échantillons prélevés dans des
bioréacteurs de laboratoire sont disponibles. Elles proviennent d’expériences réalisées dans l’unité PROSE pour évaluer les
conséquences de différents stress salins sur les performances de la digestion anaérobie. On pourra s’appuyer sur des travaux
préliminaires précédents (Bodein et al. 2019, Chapleur et al. 2021).
Bodein, A., Chapleur, O., Droit, A. and Lê Cao, K.-A. (2019) A Generic Multivariate Framework for the Integration of Microbiome Longitudinal Studies With
Other Data Types. Frontiers in Genetics 10(963).
Chapleur, O., Poirier, S., Guenne, A. and Lê Cao, K.-A. (2021) Time-course analysis of metabolomic and microbial responses in anaerobic digesters exposed to
ammonia. Chemosphere 283, 131309.
Kodikara, S., Ellul, S. and Lê Cao, K.-A. (2022) Statistical challenges in longitudinal microbiome data analysis. Briefings in Bioinformatics 23(4).

Profil du candidat :
– Connaissances solides en statistiques et en particulier en analyse de données,
– Aptitude à développer des scripts de traitement de données sous R,
– Capacités rédactionnelles et lecture d’articles scientifiques en anglais,
– Aptitudes au travail en équipe et à la communication.

Formation et compétences requises :
Master 2 en statistique / biostatistique

Adresse d’emploi :
Oniris VetAgroBio
Campus des Sciences de l’Ingénieur
44300 Nantes

Document attaché : 202403151506_DOMULO_Stage_M2_StatSC_PROSE_2024.pdf

Three PhD positions in AI and data management

Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Data Science Institute at Hasselt University, Belg
Durée : 4 years
Contact : jan.vandenbussche@uhasselt.be
Date limite de publication : 2024-05-31

Contexte :

Sujet :
The Data Science Institute at Hasselt University, Belgium has three 4-year positions for doing a PhD in Computer Science. The research is funded by the Flanders AI Research Programme and is related to data management for AI. Topics include automated data wrangling (advised by Frank Neven); neuro-symbolic AI (advised by Stijn Vansummeren); and reasoning about machine-learning models (advised by Jan Van den Bussche).

Within these positions you will have the opportunity to work in a leading research group in the foundational aspects of data management at an international level; you will also be involved in practical use cases where research ideas are applied to real-life problems.

Emails: frank.neven@uhasselt.be; stijn.vansummeren@uhasselt.be; jan.vandenbussche@uhasselt.be .

Profil du candidat :
Candidates with a strong computer science background and an interest in the interplay between systems and theory are encouraged to contact one of the advisors! Include a brief cv.

Formation et compétences requises :

Adresse d’emploi :
Hasselt University, Belgium

Journée IA et Humanités Numériques

Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : SaD-HN

Thème :

Journée IA et Humanités Numériques

Présentation :

Le vocable humanités numériques s’est aujourd’hui imposé pour désigner les travaux de recherche relevant tantôt de la création, la gestion et la mise en œuvre de jeux de données numériques dans les domaines des sciences humaines et sociales, de la modélisation et la formalisation de processus sociaux à l’aide d’outils mathématiques et informatiques, ou de l’analyse des usages et des communautés numériques du point de vue des sciences humaines et sociales [1]. Si ces trois domaines mobilisent des communautés scientifiques potentiellement différentes, tous posent de véritables défis scientifiques aux approches développées dans le domaine de l’intelligence artificielle, qu’il s’agisse d’analyse automatique de documents anciens, de traitement automatique du langage naturel, de recherche d’informations, de représentation de connaissances, de classification, de simulation, etc.

La journée “Intelligence Artificielle et Humanités Numériques” est organisée sous l’égide de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, et des GdR CNRS MADICS et MAGIS. Elle sera accueillie le 3 mai 2024, par le Datalab de la Bibliothèque nationale de France. Elle vise à rassembler les chercheurs en Intelligence Artificielle, Humanités Numériques et Sciences Humaines et Sociales autour de présentations sur les enjeux et les défis de la mise en œuvre de l’IA dans les Humanités Numériques.

Les propositions de communications sont à envoyer par email à sebastien.poublanc@univ-tlse2.fr avant le lundi 1er avril 2024, sous la forme d’un titre et d’un résumé de 300 mots maximum. Les propositions retenues feront l’objet d’une présentation de 20 minutes. Nous encourageons les propositions de communications sur des travaux, originaux ou déjà publiés, ayant une portée théorique, méthodologique ou pratique, sur l’un des thèmes listés ci-dessous (liste non exhaustive):

Recherche d’informations, indexation, recommandation à partir de grands corpus de documents.

Préparation de documents anciens numérisés : normalisation, redressement automatique de pages, géoréférencement de cartes, etc.

Analyse de documents anciens (textuels ou iconographiques) : traitement automatique de documents numérisés, qualité des documents numérisés, analyse de mises en page, reconnaissance de texte et de symboles, reconnaissance d’écriture manuelle, vectorisation automatique de cartes, etc.

Acquisition de connaissances à partir de textes, à partir d’images (photographies, estampes, cartes, etc.), de données non structurées, etc.

Représentation des connaissances et raisonnement, ontologies pour les humanités numériques.

Extraction et acquisition de connaissances, peuplement d’ontologies, annotation sémantique de documents anciens.

Provenance et confiance dans les données, incertitude, incomplétude, croisement de sources, métriques et évaluation de la qualité des données et des connaissances.

Analyse de liens, communautés en ligne, réseaux sociaux, médias sociaux.

Fouille de données d’opinions, de dépêches, de microblogging, géoréférencement de textes.

Autres mises en œuvre de l’IA pour l’extraction, la structuration ou l’analyse de données spatiales, temporelles, incertaines, incomplètes pour des applications en Humanités Numériques…

Du : 2024-05-03

Au : 2024-05-03

Lieu : BNF – Paris

Site Web : https://sadhn-madics.github.io/journ%C3%A9e-intelligence-artificielle-et-humanit%C3%A9s-num%C3%A9riques

Journée Thématique: Gestion et Analyse des données Aériennes et Satellitaires (G2AS’ 24)

Date : 2024-04-17
Lieu : EPITA, 14-16 rue Voltaire, 94 270 Le Kremlin-Bicêtre

Dans le cadre d’une journée thématique commune AFIA – EGC co-organisée par le groupe de travail GAST, le 17 avril 2024, nous souhaitons réunir les acteurs de la recherche académique et industrielle autour de la représentation, de la gestion, de l’analyse et du stockage des données aériennes et satellitaires.

Les données aériennes et satellitaires jouent un rôle crucial dans un large éventail d’applications, allant de la surveillance environnementale et climatique à la gestion des sols et des ressources naturelles, en passant par la prévision des catastrophes naturelles, la planification urbaine et la gestion des risques. Les progrès technologiques concernant la conception des capteurs embarqués sur les satellites ainsi que la multiplication des missions aériennes et spatiales à des fins d’observation permettent d’avoir aujourd’hui accès à une quantité toujours plus importante de données avec des résolutions spatiales et temporelles sans précédent. Cette journée thématique autour des données aériennes et satellitaires a donc pour but de réunir des acteurs du domaine pour échanger sur leurs expériences et leurs travaux respectifs, que ce soit à propos du développement de nouvelles méthodes de traitement des données, d’applications spécifiques en lien avec ces données ou encore des défis techniques actuels et des futures opportunités.

L’objectif étant de créer un espace de rencontres et d’échanges, nous sollicitons les académiques et industriels pour exposer et présenter un poster en lien avec ce domaine. Cette journée pourra également permettre aux doctorants de présenter leurs sujets et leurs premiers travaux en rapport avec les données aériennes et satellitaires.

Pour enrichir cette journée, nous prévoyons également la venue de 9 invités:
– Nicolas AUDEBERT (LASTIG / Université Gustave Eiffel, ENSG, IGN)
Titre : Applications des modèles de diffusion à l’observation de la Terre.
– Lucas DRUMETZ (Lab-STICC / IMT Atlantique)
Titre : Interplay between data assimilation and Machine Learning for time series of satellite images
– Henri GIRAUD (SERTIT / Université de Strasbourg)
Titre : Utilisation de l’imagerie satellitaire – L’Espace au service de la Terre.
– Roberto INTERDONATO (CIRAD – UMR TETIS / INRIA, Montpellier)
Titre: Machine and deep learning for earth observation : advanced approaches and practical use cases.
– Loïc LANDRIEU (IMAGINE – LIGM / École Nationale des Ponts et Chaussées)
Titre : Apprentissage profond pour le traitement de séries temporelles d’images satellites.
– Sylvain LOBRY (LIPADE / Université Paris Cité)
Titre : Données satellitaires : de l’application locale à des modèles de fondation.
– Samuel NAHMANI (UMR IPGP / Université Paris Cité, CNRS, IGN ; Université Gustave Eiffel, ENSG, IGN)
Titre : La Terre vue par la géodésie spatiale : des mesures massives pour une meilleure compréhension des processus géophysiques sous-jacents.
– Franck NIVOLE (IRD Nouvelle-Calédonie UMR Espace-DEV)
Titre : Présentation du projet SESAME Surveillance de l’État de SAnté des Mangroves dans le pacifiquE par l’utilisation d’imagerie satellitaire.
– Laure TOUGNE (LIRIS /Université Lumière Lyon 2)
Titre : Analyse d’images aériennes historiques : application à une étude épidémiologique.

Le planning sera communiqué dès qu’il sera finalisé et la journée sera diffusée en streaming.

Équipe organisatrice :
– Clément Iphar, LETG/UBO (Brest)
– Guillaume Tochon, LRE/EPITA (Kremlin-Bicêtre)
– Aurélie Leborgne, ICube/UNISTRA (Strasbourg)
– Loïc Salmon, ISEA/UNC (Nouméa – Nouvelle-Calédonie)
– Nida Meddouri, LRE/EPITA (Kremlin-Bicêtre)

Les dates :
– Soumission des résumés pour la présentation poster : 27 mars 2024
– Notification aux auteurs : 28 mars 2024
– Inscription (gratuite, mais obligatoire pour le bon déroulé de la journée): 03 avril 2024

Instructions aux participants : Si vous êtes intéressés pour participer (juste par votre présence ou par la présentation d’un poster) à cette journée, veuillez vous inscrire via ce lien.

Instructions aux auteurs des posters : Les auteurs sont invités à soumettre un résumé concernant une recherche originale (non publiée ou en cours d’évaluation) autour des thématiques de la journée. Les posters devront être réalisés et imprimés pour cette journée. La langue officielle de la journée est le français, mais il reste ouvert aux contributions en langue anglaise. La soumission des résumés se fera exclusivement sous format électronique aux adresses mail: clement.iphar@univ-brest.fr & guillaume.tochon@epita.fr

Si vous avez des difficultés, n’hésitez pas à nous contacter.

Contact : nida.meddouri@epita.fr & aurelie.leborgne@unistra.fr

Cordialement
– Clément, Guillaume, Aurélie, Loïc & Nida –

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Grenoble Artificial Intelligence for Physical Sciences Workshop — 29-31st May 2024

Date : 2024-05-29 => 2024-05-31
Lieu : Université Grenoble Alpes

MACI
339 avenue Centrale
Domaine Universitaire
38400 Saint-Martin-d’Hères

Dear colleagues,

We would like to invite you to the Grenoble Artificial Intelligence for Physical Sciences Workshop” (GAP2024) in Grenoble, France, from 29-May to 31-May. Registration is free but mandatory and can be done here until 15-May.

The workshop will explore the intersections between machine learning research and the study of physical systems described by systems of differential equations.

We expect to gather researchers from machine learning and computational physics and diverse application fields, in order to foster collaborations and strengthen connections within the scientific community, and in particular across the alpine arc.

We will feature distinguished keynote speakers who will deliver in-depth lectures on the fundamental concepts and techniques employed in various research domains where machine learning and physical sciences converge. We will have the pleasure to listen to:

  • Chris Rackauckas – MIT (Scientific machine learning, Julia)
  • David Greenberg – Helmoltz Zentrum Hereon (Model-driven machine learning)
  • Emmanuel de Bézenac – ETH (Physics-informed neural networks)
  • Gilles Louppe – Université of Liège (Simulation-based inference)
  • Nicolas Boullé – University of Cambridge (Operator learning for PDEs)
  • Nicolas Brodu – Inria (Continuous causal states)
  • Julia Gusak – Inria (Neural ODEs, neural operators, and their efficiency)
  • Marc Bocquet – Ecole des Ponts ParisTech (Data assimilation and ML)
  • Marylou Gabrié – École Polytechnique (Generative modelling)
  • Ronan Fablet – IMT Atlantique (Bi-level optimization for inverse problems)

There will also be a poster session during which researchers will have the opportunity to present their cutting-edge work, demonstrating how they are applying machine learning techniques to address real-world challenges in their respective fields.

Hoping to see many of you in Grenoble!

Best regards,

The GAP2024 organising committee,
Pedro L. C. Rodrigues, Bruno Raffin, Julien Le Sommer and Jordi Bolibar

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Chercheur·se Post-Doctorat / Ingénieur·e de Recherche en IA / télédétection pour la biodiversité

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Laboratoire/Entreprise : CNRS / Laboratoire Ecologie Alpine
Durée : 18 mois
Contact : wilfried.thuiller@univ-grenoble-alpes.fr
Date limite de publication : 2024-05-01

Contexte :
Le changement climatique et la préservation de la biodiversité sont des enjeux clés à très fort impact sociétal.

Sujet :
Le projet vise à développer de nouveaux modèles de biodiversité en se basant sur l’apprentissage profond, notamment les modèles de réseaux de neurones convolutifs (modèles de fondation). Les données de télédétection seront mobilisées dans ce but. Le.a chercheur.se/ingénieur.e testera et comparera différentes architectures pour modéliser différents groupes d’animaux et de plantes, en collaboration avec les autres spécialistes en IA déjà présent.es au laboratoire.

Profil du candidat :
Excellente connaissance des approches de machine learning et deep-learning.

Intérêt pour les questions de biodiversité, et connaissance (optionnellle) de l’écologie et de la modélisation des espèces.

Motivation pour un projet d’équipe multidisciplinaire alliant écologie et mathématiques.

Formation et compétences requises :
Ingénieur.e et/ou docteur.e en IA, machine learning, modélisation, ou écologie.

Expertise en intelligence artificielle
Expertise en Python
Bonne connaissance d’Unix et des environnements clusters et grilles de calculs
Maitrise l’Anglais (écrit et parlé)

Adresse d’emploi :
Le Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA), est une unité mixte de recherche de l’Université Grenoble Alpes, CNRS, USMB, située sur le campus grenoblois à Saint-Martin d’Hères et sur le campus chambérien au Bourget du Lac.

sifdoctorants24 : Séminaire des doctorants et doctorantes en informatique – Édition 2024

Date : 2024-05-31
Lieu : Le séminaire des doctorants aura lieu sur plusieurs sites locaux, et en ligne.

Séminaire des doctorantes et doctorants en informatique

Le 31 mai 2024, se tiendra le séminaire des doctorantes et doctorants de la Société Informatique de France !

Cette journée offre une opportunité unique aux doctorantes et doctorants évoluant dans le domaine de l’informatique ou dans des disciplines connexes telles que l’éducation, la bioinformatique, l’écologie, les sciences de l’information, etc. Les participantes et participants auront l’opportunité de présenter leurs recherches devant leurs collègues du domaine, le tout dans une atmosphère conviviale.

Objectifs clés de l’événement

  • Offrir aux jeunes chercheuses et chercheurs des retours constructifs sur leurs travaux de recherche doctorale.
  • Stimuler de nouvelles perspectives et idées pour les thèses en cours.
  • Accroître la visibilité des thématiques de recherche au sein de la communauté.
  • Faciliter les échanges entre pairs, permettant aux doctorantes et doctorants de créer des liens précieux.

Public concerné

Cet appel s’adresse à l’ensemble des étudiant·e·s engagé·e·s dans une thèse dans le domaine de l’informatique. Les présentations et les ateliers interactifs seront accessibles sur le site web de la conférence.

Soumission

La date limite pour soumettre vos propositions est le 30 mars 2024. La soumission doit inclure :

  • Un document résumant l’activité de recherche du candidat, comprenant les éléments suivants :
    • La contribution scientifique
    • La méthode utilisée
    • Les résultats obtenus ou attendus
  • La soumission peut être rédigée en français ou en anglais et ne doit pas dépasser 1 page.

Joignez-vous à nous pour cette journée enrichissante qui favorisera la collaboration, l’apprentissage mutuel et la découverte des avancées passionnantes dans le domaine de la recherche doctorale en informatique. Nous vous incitons vivement à prendre part à cet événement et/ou à encourager les doctorants présents dans vos laboratoires à y participer !

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Postdoc (H/F) en apprentissage ML de systèmes dynamiques pour les neurosciences

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Laboratoire/Entreprise : Institut FEMTO-ST, Besançon
Durée : 12mois
Contact : jean.aucouturier@femto-st.fr
Date limite de publication : 2024-04-15

Contexte :
Le groupe de recherche Neuro du département d’Automatique et Robotique, Institut FEMTO-ST à Besançon, recherche un.e chercheur.se postdoctorant.e dans le domaine de l’apprentissage de systèmes dynamiques et des réseaux de neurones physiquement informés (PINNs), pour application à la recherche en neuroscience.

Le contrat est financé initialement pour une période de 12 mois, grâce à un contrat de la Région Bourgogne Franche-Comté (Project ASPECT, automatique des systèmes perceptifs, 2022-2025).

Info: https://neuro-team-femto.github.io/2024/02/23/postdoc-position

Sujet :
La mission principale de la personne recrutée sera de développer des modèles permettant de modéliser la dynamique de l’activité neurophysiologique de patients en état de coma, dans le but d’établir des biomarqueurs physiques de la probabilité de réveil.

Cette mission se base sur un dataset déjà disponible, collecté en collaboration avec le GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences (Paris, France) et comprenant plusieurs centaines de patients coma, associant données EEG resting-state au 4 jour après le début du coma, et données cliniques sur le devenir neurologique au réveil (Hermann et al., 2024). La prédiction de l’état au réveil après coma a fait récemment l’objet d’une intense activité en apprentissage machine (ex. Zubler & Tsovara, 2023), mais les méthodes existantes n’ont pas encore exploré la caractérisation du système comme système dynamique, ni l’utilisation de tels paramètres physiques comme biomarqueurs.

Scientifiquement, les méthodes explorées pourront faire appel à l’état de l’art récent en régression symbolique (ex. SINDy, Sparse Identification of Nonlinear Dynamics; Brunton et al.), Neural ODE (Chen et al. NeurIPS 2018) ou les réseaux de neurones récurrents (Durstewitz et al. 2023).

Profil du candidat :
Les compétences attendues sont celles d’un.e chercheur/se de haut-niveau dans le domaine de l’apprentissage de systèmes dynamiques, des réseaux de neurones physiquement informés (PINNs) ou de l’identification de systèmes dynamiques en automatique:
– une bonne connaissance académique du domaine, attestée par une thèse de doctorat en machine-learning, automatique, physique ou biologie/neurosciences computationnelle
– de bonnes compétences de programmation en python, de développement et d’évaluation de modèles d’apprentissage machine, attestées par exemple par une activité de partage de code sur github/lab ou d’autres indicateurs équivalents
– de bonnes compétences de communication scientifique et de rédaction d’article, attestée par une activité de publication en revue internationales
– une appétence pour la modélisation de données biologique et neuroscientifiques en particulier

Formation et compétences requises :
Les compétences attendues sont celles d’un.e chercheur/se de haut-niveau dans le domaine de l’apprentissage de systèmes dynamiques, des réseaux de neurones physiquement informés (PINNs) ou de l’identification de systèmes dynamiques en automatique:
– une bonne connaissance académique du domaine, attestée par une thèse de doctorat en machine-learning, automatique, physique ou biologie/neurosciences computationnelle
– de bonnes compétences de programmation en python, de développement et d’évaluation de modèles d’apprentissage machine, attestées par exemple par une activité de partage de code sur github/lab ou d’autres indicateurs équivalents
– de bonnes compétences de communication scientifique et de rédaction d’article, attestée par une activité de publication en revue internationales
– une appétence pour la modélisation de données biologique et neuroscientifiques en particulier

Adresse d’emploi :
Avec près de 750 chercheurs/ses, l’institut FEMTO-ST est l’un des plus gros laboratoires CNRS de sciences de l’ingénierie de France. Il est situé à Besançon, une capitale régionale à taille humaine, régulièrement évaluée dans les premières de France pour sa qualité de vie et sa vie étudiante.

Institut FEMTO-ST, Département AS2M,
24 rue Alain Savary,
25000 Besançon, France