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Laboratoire/Entreprise : QuantIF-LITIS
Durée : 2 ans
Contact : sebastien.hapdey@chb.unicancer.fr
Date limite de publication : 2021-06-21

Contexte :
La Tomographie par Emission de Positons (TEP) au 2-[18]-Fluoro-2-désoxy-D-glucose (FDG) est une méthode d’imagerie fonctionnelle particulièrement utilisée en cancérologie. Elle repose sur l’injection d’un produit radiopharmaceutique (un analogue du sucre) marqué par une faible radioactivité de Fluor18. Afin de quantifier la consommation de glucose des lésions tumorales, on mesure, une heure après l’injection du produit les photons émis par le F18 pendant une dizaine de minutes. A partir de la détection de ces photons, on reconstruit une image en 3D présentant la distribution du radiopharmaceutique au sein des patients. Les images sont ensuite analysées par le médecin pour quantifier l’amplitude de fixation du produit par les tumeurs.

Des approches plus élaborées existent, basées sur la détection des photons pendant au moins 50 minutes permettant ainsi de disposer de la cinétique de fixation du produit.
Dans le cadre d’un travail de thèse, nous avons développé une approche permettant la détermination d’une cartographie de biomarqueurs dynamiques et requérant une unique acquisition TEP d’une durée d’une quinzaine de minutes.

Le Logiciel (ParaPET) développé lors de ce travail qui a fait office de preuve de concept a aussi montré quelques limites, concernant notamment la génération de certains biomarqueurs.

Sujet :
Votre mission consistera à :
– Améliorer et optimiser le code.
– Ajouter des fonctionnalités, par exemple l’intégration de nouvelles séries d’images pour un calcul plus robuste.
– Générer des images statistiques : pour cela, une approche d’intelligence artificielle par apprentissage profond de type GAN sera à développer.
– Paralléliser le code, ce dernier demandant des ressources conséquentes en termes de temps de calcul qui nécessitent une accélération du processus. Une programmation GPU, devra ainsi être réalisé.
– Écrire une documentation exhaustive pour garantir la réutilisabilité.
Votre mission s’intègre dans une volonté de rayonnement scientifique international à long terme.

Profil du candidat :
Nous proposons donc un contrat à durée déterminée de 2 ans, pour un profil de post-doctorant ou d’ingénieur de recherche orienté informatique et programmation HPC. Le financement est assuré par la société Siemens, le lieu de travail sera le laboratoire QuantIF-LITIS à la faculté de médecine de Rouen. Le travail se déroulera en collaborations avec les membres de l’équipe de recherche QuantIF, et le personnel du service d’imagerie médicale du centre Henri Becquerel.

Formation et compétences requises :
Compétences nécessaires
Vous êtes titulaire d’un doctorat ou avez une solide expérience en programmation et en traitement d’images/calcul haute performance. Vous avez des bases théoriques et pratiques en apprentissage machine.
Vous avez une bonne vision architecturale, structurée et globale. Vous êtes attentif(ve) aux bonnes pratiques de programmation.
Un bon niveau en anglais

Compétences supplémentaires appréciées
Vous avez une première expérience avec le standard DICOM.

Adresse d’emploi :
Laboratoire QuantIF-LITIS, Faculté de medecine de Rouen, boulevard Gambetta, 76000 ROUEN