Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : aucun

Laboratoire/Entreprise : Institut de Recherche en Horticulture et Semences, Angers
Durée : Permanent
Contact : mathieu.emily@agrocampus – ouest.fr
Date limite de publication : 2020-07-31

Contexte :
Le/La maître de conférences recruté/e effectuera ses activités de recherche au sein de l’IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Unité Mixte de Recherche (UMR) sous tutelle de l’INRA, de l’Université d’Angers et d’AGROCAMPUS OUEST. L’IRHS regroupe en 13 équipes la majeure partie des forces de recherche en biologie végétale de la région, soit 235 membres dont 175 permanents. L’IRHS développe des approches intégrées mobilisant biologie, modélisation, statistique et bioinformatique.

Sujet :
Le/La maître de conférences recruté/e rejoindra l’équipe ImHorPhen (Imagerie pour l’Horticulture et le Phenotypage) de l’IRHS. Créée en 2017, cette équipe forte d’une trentaine de personnes, mène conjointement :
– Une activité de plateforme : infrastructure de production de plantes en environnement contrôlé et de phénotypage par imagerie ;
– Une activité de recherche : développement d’outils d’imagerie innovants pour la caractérisation des semences, du développement des plantes horticoles in situ et des interactions hôtes pathogènes

Ces activités pluridisciplinaires de phénomique sont portées par des biologistes, des physiciens spécialistes de l’analyse d’image, des informaticiens et des statisticiens, en collaboration avec des chercheurs des différentes équipes de l’IRHS. Le/La maître de conférences recruté/e contribuera au développement méthodologique pour l’acquisition, la gestion et l’exploitation de données tout au long de la chaîne de phénotypage haut-débit mise en place : plans d’expérience sur capteurs, analyse d’images, analyse longitudinale de cohortes, apprentissage automatique, intégration et visualisation de données hétérogènes…

L’équipe ImHorPhen partage une thématique d’analyse de données volumineuses, hétérogènes et incomplètes (issues entre autres de technologies à haut-débit : séquençage, expression de gènes, imagerie, etc.) et multi-échelles (de la molécule au champ en passant par l’organe, la plante entière, etc.) avec l’équipe BIDefI (Bioinformatics for plant Defense Investigations), qui développe méthodes et outils de génomique. Le/La maître de conférences recruté/e contribuera au développement de projets communs aux deux équipes.

Profil du candidat :
Il/Elle est encouragé(e) à développer de collaborations avec les autres équipes d’informatique et statistique du grand ouest (LAREMA, LMJL, IRMAR, LERIA, LINA, IRISA…) ou celles des établissements d’enseignement supérieur dépendant du Ministère en charge de l’Agriculture, notamment Montpellier SupAgro ou AgroParisTech

Formation et compétences requises :
Les candidat(e)s devront posséder un doctorat en sciences des données, (bio)informatique, (bio)statistique, etc. et de préférence pluridisciplinaire, des aptitudes pédagogiques leur permettant d’atteindre un public agronome non
expert, et avoir de l’intérêt pour les projets multidisciplinaires et appliqués, avec une composante ingénierie, en particulier dans les domaines de l’imagerie et du végétal

Adresse d’emploi :
Angers

Document attaché : document1.pdf