Implantation d’une interface utilisateur pour l’exploration interactive d’un ensemble de motifs extraits

When:
01/02/2023 – 02/02/2023 all-day
2023-02-01T01:00:00+01:00
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Offre en lien avec l’Action/le Réseau : DSChem/– — –

Laboratoire/Entreprise : Groupe de recherche en informatique, image, automa
Durée : 6 mois
Contact : bertrand.cuissart@unicaen.fr
Date limite de publication : 2023-02-01

Contexte :

Cette annonce propose un stage de 6 mois destiné à un·e étudiant·e en cinquième année d’informatique (M2 ou école d’ingénieurs). Le stage s’inscrit dans le projet ANR-20-CE23-0023 InvolvD 1 . Le sujet principal est le développement d’une interface utilisat·eur·rice,outil indispensable pour permettre aux expert·e·s en pharmacie de bénéficier de notre nouvel algorithme d’exploration de résultats expérimentaux. Le stage (sera encadré par Ronan Bureau, Bertrand Cuissart et Etienne Lehembre. Le·La stagiaire sera accueilli.e au sein du GREYC, le laboratoire d’informatique de l’Université de Caen Normandie.

Sujet :
Dans le cadre d’InvolvD, nous avons récemment développé un algorithme visant à accom-
pagner un·e expert·e dans la découverte d’un espace de données structurées. L’algorithme
aillant fait ses preuves lors de tests avec des oracles synthétiques, nous souhaitons passer
à une phase expérimentale concrète en impliquant des expert·e·s humain·e·s. Le stage
consiste à réaliser l’interface utilisat·eur·rice qui permettra à un·e pharmacien·e de choisir
les parties des résultats qui l’intéressent au premier chef.
Les éléments d’étude sont des graphes étiquetés appelés pharmacophores [2] issus d’un
calcul de fouille de données. L’ensemble des pharmacophores est structuré grâce à la re-
lation d’inclusion entre les graphes. L’interface a pour but d’offrir à l’expert·e un moyen
efficace de parcourir cette structure de façon à alimenter l’algorithme d’apprentissage
par renforcement. L’objectif étant de limiter la frustration et le manque d’attention de
l’expert·e [1], il est important que l’interaction ne se résume pas à une suite de questions
– réponses.
Suite aux réponses de de l’expert·e, l’algorithme actualise l’intérêt de chaque pharma-
cophore pour l’analyse. Pour traduire cette évolution, la visualisation de la structure à
parcourir doit évoluer en conséquence.
La réalisation de l’interface sera prolongée par un travail destiné à évaluer les perfor-
mances de l’algorithme d’évaluation de l’intérêt des pharmacophores. Pour cette partie
du travail, il sera indispensable d’avoir un échange de nature interdisciplinaire avec les
chercheurs en pharmacie.
Enfin, le stage se conclura par un travail plus ouvert et axé sur le choix stratégique à
associer au parcours des pharmacophores. On peut privilégier une stratégie d’exploitation
associée à un parcours plutôt de proches en proches, on peut opter pour une stratégie
d’exploration qui privilégie les pharmacophores associés aux endroits peu explorés par
l’analyse ou on peut imaginer des compromis entre ces deux stratégies.

Profil du candidat :
Technologies envisagées
La réalisation de l’interface s’appuiera sur une méthode clas-
sique MVC (Modèle – Vue – Contrôleur) où le modèle serait le code C++ fourni. Il sera
nécessaire d’intégrer le code à un wrapper Python pour mettre en place les contrôleurs
communiquant avec la vue qui utilisera Dash Cytoscape 2,3 ; Cytoscape est un logiciel de
visualisation de graphes déjà existant.
Apports du stage
Le·la stagiaire sera intégré·e au sein de l’équipe CODAG du GREYC, laboratoire d’informatique normand. Le projet ANR InvolvD impliquant des cherch·eurs·euses de plusieurs laboratoires français, l’étudiant·e aura l’occasion d’échanger avec plusieurs spécialistes dans le contexte d’une recherche interdisciplinaire. Ces échanges seront accompagnés par une intégration dans le groupe chimie-informatique caennais, groupe qui compte une vingtaine de membres et qui se réunit mensuellement pour échanger. L’étudiant·e aura ainsi plusieurs occasions de présenter ses travaux dans un contexte collaboratif. De plus, le travail étant un travail de recherche académique, il se concrétisera par la rédaction d’une communication scientifique qui sera soumise à la communauté scientifique (poster, workshop, article de conférence, ou journal). Enfin, en réalisant ce stage, l’étudiant·e va acquérir des connaissances très intéressantes concernant la ”chemoinformatique”, domaine interdisciplinaire visant à réaliser des avancées informatiques pour mieux appréhender le monde de la chimie.

Formation et compétences requises :
Le stage est destiné à un étudiant de cinquième année d’informatique (M2 ou école d’ingénieurs).

Adresse d’emploi :
6 Boulevard du Maréchal Juin
Bâtiment Sciences 3
CS 14032, 14032 CAEN cedex 5

Document attaché : 202212011043_stage_greyc.pdf