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Laboratoire/Entreprise : Institut des Science
Durée : 1 an
Contact : sakina@obs-vlfr.fr
Date limite de publication : 2020-03-31

Contexte :
Nous recherchons des candidats pour un contrat d’un an comme post-doctorant(e) sur l’analyse de données d’imagerie du plancton marin par apprentissage machine. La personne sera recrutée par l’Institut des Sciences du Calcul et des Données (ISCD) de Sorbonne Université (SU) et sera basé au Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer (LOV) près de Nice.

L’ISCD est un institut de Sorbonne Université dédié à l’exploration et au développement du calcul intensif, de la simulation numérique et de l’analyse de données complexes ou massives. Le LOV est un laboratoire CNRS-SU situé à côté de Nice. Il s’intéresse à la biologie des océans. Il récolte de grands jeux de données complexes (imagerie in situ, données satellites, etc.) et utilise des techniques numériques (modélisation statistique et dynamique, intelligence artificielle) pour les exploiter. Nous avons également une longue expérience de collaboration avec des informaticiens à la fois universitaires (e.g. I3S à Nice, ENSTA à Paris, MIP à Kiel) et du secteur privé (e.g. Google Brain lab à Paris). Plusieurs allers-retours à l’ISCD Paris sont à prévoir.

Sujet :
La personne recrutée appliquera des algorithmes d’apprentissage machine pour extraire des informations écologiquement pertinentes à partir d’images individuelles d’organismes planctoniques.

Plus précisément, il/elle développera ou appliquera les techniques existantes pour extraire les caractéristiques morphologiques liées aux stratégies de vie : réserves lipidiques, structures de défense, protection de la progéniture, contenu intestinal, pigmentation, etc

Ce travail pourra inclure le pré-traitement d’image, de la segmentation sémantique, des réseaux de régression, etc. Le travail de la personne recrutée ira jusqu’à l’interprétation des résultats et à la publication d’articles scientifiques.

Il/elle bénéficiera des millions d’images de plancton étiquetées taxonomiquement disponibles dans l’application Ecotaxa développée au LOV (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/).

Il/Elle travaillera en étroite interaction avec les écologistes marins des équipes FORMAL et Complex, tant à l’ISCD à Paris qu’au LOV à Villefranche-sur-Mer.

Profil du candidat :
– PhD (or engineering degree with at least 3 years of experience) in image processing, computer vision and machine/deep-learning algorithms, ideally at the interface with an other discipline (e.g., medicine, biology, ecology, …)

Formation et compétences requises :
– proficiency in programming for image processing, machine learning and data mining, using R, Python, C, or MATLAB.
– ability for handling datasets with millions of records and interacting with the database that hosts them, all in a Unix environment.
– excellent writing and communication skills
– experience of collaborating effectively with a team of scientists of diverse backgrounds

POUR POSTULER :

Le dossier de candidature doit incure : une lettre de motivation sur les intérêts scientifiques actuels et futurs, un CV mis à jour, une copie des publication en premier auteur, et les noms et contacts de 3 personnes référentes.
Le dossier de candidature est à envoyé par mail à Pascal Frey et Agnieszka Miskiewicz (iscd_(AT)_sorbonne-universite.fr), avec pour titre “ISCD Fellowship Application – FORMAL data scientist”

Adresse d’emploi :
Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (LOV)
181 Chemin du Lazaret
06230 Villefranche-sur-Mer
France

Document attaché : 202003121009_FDP post-doc FORMAL 5.pdf