Annonce en lien avec l’Action/le Réseau : aucun

Laboratoire/Entreprise : CREATIS
Durée : 4 mois – 6 mois
Contact : sorina.pop@creatis.insa-lyon.fr
Date limite de publication : 2020-04-01

Contexte :
Ce stage traitera de problématiques de stockage et de traitement FAIR (localisable, accessible, interopérable et retrouvable) des données de recherche issues de la plateforme PILoT.

Pour cela, nous proposons de mettre en place une base de données de type Girder, qui permettra d’accueillir les données issues de PILoT et de gérer leurs droits d’accès conformément au souhait de leur propriétaires. Nous proposons d’extraire et publier les métadonnées pertinentes permettant de rendre ces données localisables et retrouvables. Enfin, pour faire le lien avec les traitements qui peuvent être lancés sur ces données, la base de données sera interconnectée avec la plateforme VIP.

Sujet :
Ce stage traitera de problématiques de stockage et de traitement FAIR (localisable,
accessible, interopérable et retrouvable) des données de recherche issues de la
plateforme PILoT.
Pour cela, nous proposons de mettre en place une base de données de type Girder,
qui permettra d’accueillir les données issues de PILoT et de gérer leurs droits
d’accès conformément au souhait de leur propriétaires. Nous proposons d’extraire et
publier les métadonnées pertinentes permettant de rendre ces données localisables
et retrouvables. Enfin, pour faire le lien avec les traitements qui peuvent être lancés
sur ces données, la base de données sera interconnectée avec la plateforme VIP.
Plus précisément, l’étudiant recruté devra travailler sur :
– La prise en main d’une instance de BD Girder
– L’étude des données disponibles sur PILoT afin de proposer une structure
adéquate pour leur intégration dans la BD
– Définition des métadonnées à extraire et publier
– Automatisation de l’extraction de ces métadonnées
– Mise en place et test d’un pipeline complet de l’import des données dans la
BD, l’extraction des métadonnées et l’exécution de traitements avec VIP

Profil du candidat :
Informatique, niveau Master ou 5ème année ingénieur

Formation et compétences requises :
– Bonnes compétences en informatique, programmation et systèmes Linux
– Connaissances en bases de données et/ou traitement de données
– Rigueur, esprit critique, intérêt pour la recherche

Adresse d’emploi :
CREATIS – INSA LYON
Bâtiment Blaise Pascal (4ème étage)
7 Avenue Jean Capelle
69621 Villeurbanne Cedex

Document attaché : sujet_stage_vip_pilot_0.pdf